Setelah Pemilu 1999 usai, Habibie tidak lagi jadi presiden, proses pemisahan Polri dari ABRI pun dilanjutkan oleh presiden berikutnya, Abdurahman Wahid (Gus Dur).
Pada masa Presiden Gus Dur inilah lahir Tap MPR Nomor VI/MPR/2000 tentang Pemisahan TNI dan Polri.
Tap MPR ditandatangani oleh Ketua MPR Amien Rais serta para wakil ketua pada 18 Agustus 2000.
Baca juga: Momen Soekarno Naik Kuda di HUT Pertama TNI yang Menyatukan Prabowo dan Megawati...
Ketetapan MPR tersebut memutuskan seperangkat aturan mengenai pemisahan kelembagaan TNI dan Polri sesuai dengan peran serta fungsi masing-masing.
Selain itu, dokumen tersebut menjelaskan dan menegaskan kembali peran utama TNI dalam bidang pertahanan negara, sementara Polri dalam bidang pemeliharaan keamanan negara.
Dikutip dari Historia dalam artikel "Pemisahan TNI dengan Polri" yang tayang pada 28 September 2019, reformasi di tubuh militer yang dilakukan Gus Dur, antara lain, memisahkan jabatan Menteri Pertahanan dengan Panglima TNI dan mengangkat pejabat sipil sebagai Menteri Pertahanan.
Baca juga: Mengenal Peluncur Roket Astros II MK6, Andalan TNI AD yang Dibanggakan Jokowi
Selain itu, Gus Dur menunjuk Panglima TNI dari Angkatan Laut (AL), melikuidasi Badan Koordinasi Strategi Nasional (Bakornas) pengganti Kopkamtib, dan lembaga Penelitian Khusus (Litsus).