Hasil Pemilu 1999, dari Partai Politik Peserta hingga Pemenang

33. Masyumi Baru
Suara: 152.589
Kursi: -

34. PNBI
Suara: 149.136
Kursi: -

35. PUDI
Suara: 140.980
Kursi: -

36. PBN
Suara: 140.980
Kursi: -

37. PKM
Suara: 104.385
Kursi: -

38. PND
Suara: 96.984
Kursi: -

39. PADI
Suara: 85.838
Kursi: -

40. PRD
Suara: 78.730
Kursi: -

41. PPI
Suara: 63.934
Kursi: -

42. PID
Suara: 62.901
Kursi: -

43. Murba
Suara: 62.006
Kursi: -

44. SPSI
Suara: 61.105
Kursi: -

45. PUMI
Suara: 49.839
Kursi: -

46. PSP
Suara: 49.807
Kursi: -

47. PARI
Suara: 54.790
Kursi: -

48. PILAR
Suara: 40.517
Kursi: -

Pemilihan Presiden dan Wakil Presiden

Proses pemilihan presiden dan wakil presiden periode saat itu masih menggunakan mekanisme perwakilan melalui Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR). Proses pemilihan digelar dalam 2 tahap, yakni pada 20 Oktober 1999 untuk memilih presiden dan 21 Oktober untuk memilih wakil presiden.

Dalam pemilihan presiden pada 20 Oktober 1999, Abdurrahman Wahid mendapatkan 373 suara. Dia mengalahkan Megawati Soekarnoputri yang mendapatkan 313 suara.

Sedangkan dalam pemilihan Wakil Presiden pada 21 Oktober 1999, Megawati mendapatkan 396 suara. Pesaingnya, yakni Ketua Umum PPP Hamzah Haz mendapatkan 284 suara.

Dari hasil pemungutan suara di MPR menghasilkan pasangan Presiden Abdurrahman Wahid atau Gus Dur dan Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri yang langsung dilantik pada hari pemungutan suara.