Saat menjabat sebagai Menko Kemaritiman, Luhut juga ditunjuk oleh Jokowi sebagai Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral Ad Interim (menteri sementara waktu) pada 15 Agustus 2016.
Ketika itu Luhut menggantikan posisi Arcandra Tahar yang bermasalah terkait kepemilikan paspor ganda, yakni dari Amerika Serikat (AS) dan Indonesia. Luhut mengemban posisi Menteri ESDM selama dua bulan.
Pada 17 September 2018, Jokowi kemudian menunjuk Luhut sebagai Ketua Tim Nasional Peningkatan Penggunaan Produksi Dalam Negeri (P3DN).
Penunjukan Luhut disahkan lewat Keppres No. 24 Tahun 2018. Tugas tim yang dipimpin Luhut ialah memantau penggunaan produksi dalam negeri sejak tahapan perencanaan dalam pengadaan barang dan jasa yang dilakukan oleh instansi pemerintah, termasuk BUMN dan BUMD.
Tim tersebut juga bertugas menyosialisasikan penggunaan produk dalam negeri serta memantau tingkat komponen dalam negeri dari suatu produk yang diproduksi instansi pemerintah.
Baca juga: Jokowi Tunjuk Luhut sebagai Menko Kemaritiman dan Investasi
Pada periode kedua pemerintahan Jokowi, Luhut kembali ditunjuk sebagai Menteri Koordinator bidang Kemaritiman dan Investasi periode 2019-2024. Penunjukan Luhut sebagai Menteri Koordinator bidang Kemaritiman dan Investasi diumumkan oleh Jokowi di Istana Kepresidenan pada 23 Oktober 2019.
Pada 14 Maret 2020, Luhut ditunjuk oleh Jokowi untuk menggantikan sementara jabatan definitif Menhub Budi Karya Sumadi. Luhut mengisi posisi Menteri Perhubungan dengan merangkap jabatan sebagai Menko Kemaritiman dan Investasi.
Saat itu, Budi Karya harus menjalani perawatan intensif lantaran terjangkit Covid-19. Jabatan Menhub Ad Interim ini diisi oleh Luhut hingga 6 Mei 2020.
Selama menjabat, beberapa kebijakan Luhut dinilai kontroversi. Paling tersorot adalah kebijakan larangan mudik Lebaran 2020.