Tidak hanya ditahan, AM Fatwa pun dipecat dari pekerjaannya sebagai karyawan Pemerintah Daerah DKI Jakarta. Pria berdarah bangsawan Bone itu dipecat berdasarkan SK Mendagri Nomor 813.188-247 sejak akhir September 1979.
Khotbah dan aktivitas politik AM Fatwa semakin dipantau oleh rezim Orba. Apalagi, setelah itu dia bergabung dengan Petisi 50. Kelompok oposisi itu memang dikenal bersikap sangat keras terhadap rezim Soeharto.
Meski keras, Petisi 50 juga disegani pemerintah, karena beranggotakan sejumlah tokoh seperti pahlawan revolusi AH Nasution, mantan Gubernur DKI Jakarta Ali Sadikin, mantan Perdana Menteri Burhanuddin Harahap, eks pemimpin Masyumi Mohammad Natsir, dan mantan Kapolri Hoegeng Imam Santoso
Kelak, tuduhan subversif yang dituduhkan pemerintah Soeharto juga tidak jauh terkait aktivitas AM Fatwa di Petisi 50.
(Baca juga: SBY: AM Fatwa adalah Sosok yang Kritis)
Perihal awal mula tuduhan, setelah Tragedi Tanjung Priok terjadi, pemerintah dinilai tidak berhasil memberikan penjelasan transparan kepada masyarakat terkait peristiwa berdarah itu. Petisi 50 kemudian menerbitkan "Lembaran Putih" yang memberikan penjelasan berbeda dengan yang disampaikan pemerintah.
AM Fatwa yang ikut menyusun "Lembaran Putih" itu kemudian terkena jeratan pasal subversi. Aparat tidak sekadar mempermasalahkan keterlibatan Fatwa dalam menyusun "Lembaran Putih", namun aktivitas yang dianggap memprovokasi masyarakat Tanjung Priok.
Harian Kompas yang terbit pada 6 September 1985 menulis, AM Fatwa didakwa dengan tuduhan "melakukan serangkaian forum khotbah, ceramah, dan pertemuan yang merongrong dan menyelewengkan ideologi negara, kewibawaan pemerintah atau menyebarkan rasa permusuhan dan perpecahan dalam masyarakat.
Jaksa juga mempermasalahkan kehadiran AM Fatwa dalam pertemuan di rumah Ali Sadikin pada 15 September 1984, yang menghasilkan "Lembaran Putih". Adapun pertemuan itu juga dihadiri Hoegeng, Suyitno Sukirno, Syafruddin Prawiranegara, HM Sanusi, Anwar Haryono, serta Ali Sadikin sebagai tuan rumah.
(Baca juga: Sebelum Meninggal, AM Fatwa Tulis Sebuah Buku Biografi)