6. DOM Papua (1963-2003)
Pemberlakuan ini dimaksudkan untuk mematahkan perlawanan Organisasi Papua Merdeka (OPM). Kebijakan ini mengakibatkan terjadinya berbagai peristiwa seperti Teminabun 1966-1967, sekitar 500 orang ditahan dan kemudian dinyatakan hilang,
Peristiwa Kebar 1965 dengan 23 orang terbunuh, Peristiwa Manokwari 1965 dengan 64 orang dieksekusi mati, peristiwa Sentani dengan 20 orang menjadi korban penghilangan paksa, Enatorali 1969-1970, 634 orang terbunuh.
Sementara Peristiwa Jayawijaya dan Wamena Barat, melalui Operasi Tumpas pada kurun waktu 1970-1985 terjadi pembantaian di 17 desa. ("Laporan 5 Sub Tim Kajian, Tim Pengkajian Pelanggaran HAM Soeharto", Komnas HAM, 2003).
7. Peristiwa 27 Juli 1996
Dalam Peristiwa 27 Juli, Soeharto memandang Megawati sebagai ancaman terhadap kekuasaan politik Orde Baru.
Soeharto hanya menerima Dewan Pimpinan Pusat (DPP) PDI pimpinan Suryadi yang menjadi lawan politik PDI pimpinan Megawati.
Aksi kekerasan yang diduga berupa pembunuhan, penangkapan dan penahanan dilakukan terhadap para simpatisan PDI pimpinan Megawati.
Dalam peristiwa ini, 11 orang meninggal, 149 luka-luka, 23 orang hilang, 124 orang ditahan.
8. Penculikan dan Penghilangan Secara Paksa 1997–1998
Peristiwa ini terjadi tidak terlepas dari konteks politik peristiwa 27 Juli, yakni menjelang Pemilihan Umum 1997 dan Sidang Umum MPR 1998.
Pada masa itu wacana pergantian Soeharto kerap disuarakan.
Setidaknya 23 aktivis pro demokrasi dan masyarakat yang dianggap akan bergerak melakukan penurunan Soeharto menjadi korban penculikan dan penghilangan paksa.
Komando Pasukan Khusus, (Kopassus) disebut menjadi eksekutor lapangan, dengan nama operasi "Tim Mawar".
Sebanyak 9 orang dikembalikan, 1 orang meninggal dunia dan 13 orang masih hilang ("Laporan Hasil Penyelidikan Tim Ad Hoc Penyelidikan Peristiwa Penghilangan Paksa", 2006).