Menurut pemberitaan surat kabar Kompas pada 2008, Perselisihan antara kubu Gus Dur dan Cak Imin di PKB dimulai selepas Muktamar 2005.
Baca juga: Ogah Jawab Sentilan PBNU dan Yenny Wahid, Cak Imin: Barang Lawas Enggak Usah Dibahas
Saat itu Muhaimin terpilih menjadi Ketua Umum PKB melalui Muktamar. Sedangkan Gus Dur ditetapkan menjadi Ketua Dewan Syura PKB.
Ternyata sejak muktamar itu muncul 2 kubu di dalam PKB. Yakni kubu Gus Dur dan kubu Muhaimin.
Lantas pada Maret 2008 muncul kabar ada upaya untuk melengserkan Gus Dur dari posisi Ketua Dewan Syura PKB. Caranya melalui Muktamar Luar Biasa (MLB).
Dalam rapat rutin gabungan DPP PKB pada 26 Maret 2008 diputuskan mencopot Muhaimin dari posisi Ketua Umum Dewan Tanfidz PKB.
Dari 30 orang yang hadir, 20 orang memilih opsi agar Muhaimin mundur, 5 orang mendukung agar digelar MLB, 3 suara menolak MLB, dan 2 abstain.
Baca juga: Sindir Cak Imin yang Ngotot Jadi Bacawapres, Yenny Wahid: Gurunya Saja Dikudeta, apalagi Rakyat
Dalam pemungutan suara itu, Gus Dur, Muhaimin dan Machfud MD tidak mendapat hak suara.
Muhaimin mengajukan gugatan kepada Gus Dur ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan atas keputusan pemecatannya.
Selain itu, Sekretaris Jenderal PKB yang saat itu dijabat Lukman Edy juga menggugat Gus Dur karena dipecat dengan alasan rangkap jabatan.
PKB pimpinan KH Abdurrahman Wahid menggelar Muktamar Luar Biasa (MLB) di Ponpes Al-Asshriyyah, Parung, Kabupaten Bogor, pada 30 April sampai 1 Mei 2008.
MLB itu menghasilkan keputusan Gus Dur sebagai Ketua Umum Dewan Syuro PKB. Ali Masykur Musa menggantikan Muhaimin sebagai Ketua Umum Dewan Tanfidz, dan Yenny Wahid tetap sebagai Sekjen.
Baca juga: Jika Cak Imin Jadi Cawapres Prabowo, Yenny Wahid: Kita Bye-bye
Muhaimin tak mau kalah dengan menggelar MLB di di Hotel Mercure Ancol pada 2 sampai 4 Mei 2008. MLB itu menghasilkan keputusan Muhaimin sebagai Ketua Umum PKB.
Sementara itu dalam MLB kubu Muhaimin juga menetapkan KH Aziz Mansyur sebagai Ketua Dewan Syuro, dan Lukman Edy sebagai Sekjen.
Meski terjadi dualisme, tetapi PKB lolos sebagai salah satu partai peserta Pemilu 2009. Proses pendaftaran calon anggota legislatif (caleg) kedua kubu pun terpisah.
PKB Gus Dur menggelar pendaftaran caleg di kantor DPP PKB di Kalibata, Jakarta Selatan.
Sedangkan PKB Muhaimin menggelar pendaftaran caleg di kantor Lembaga Pemenangan Pemilu PKB.
Baca juga: Yenny Wahid: Saya Siap Jadi Wapres, tetapi Tak Ingin Jadi Wapres
Bahkan ada kejadian menarik saat pengambilan nomor urut parpol pada 9 Juli 2008 di kantor Komisi Pemilihan Umum (KPU).
Saat itu Yenny dan Muhaimin berebut kertas nomor urut partai, tetapi kemudian mengangkat kertas nomor urut dengan angka 13 secara bersama-sama.
Konflik di tubuh PKB semakin meruncing. Pada Mei 2008, Muhaimin memecat Yenny Wahid dari posisi Sekjen PKB.