3. Amien Rais dan Siswono Yudo Husodo: 17.392.931 suara atau 14,66 persen;
4. Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla: 39.838.184 suara atau 33,57 persen;
5. Hamzah Haz dan Agum Gumelar: 3.569.861 suara atau 3,01 persen.
Dari perolehan angka tersebut, hanya Megawati-Hasyim Muzadi dan SBY-Jusuf Kalla yang lolos ke putaran kedua pilpres.
Pasangan Megawati-Hasyim Muzadi kala itu didukung oleh 7 partai yakni PDI Perjuangan, Golkar, Partai Persatuan Pembangunan (PPP), Partai Bintang Reformasi (PBR), Partai Damai Sejahtera (PDS), Partai Karya Peduli Bangsa (PKPB), dan Partai Nasional Indonesia Marhaenisme (PNIM).
Sementara, SBY-Jusuf Kalla didukung enam partai meliputi Demokrat, Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), Partai Keadilan Sejahtera (PKS), Partai Amanat Nasional (PAN), Partai Bulan Bintang (PBB), dan Partai Keadilan dan Persatuan Indonesia (PKPI).
Pilpres putaran kedua digelar 20 September 2004. Saat itu, jumlah pemilih yang terdaftar mencapai 150.644.184 orang.
Baca juga: PAN Enggan Kalah Pilpres Ketiga Kalinya dan Ajakan Gerindra untuk Kembali Dukung Prabowo
Dari angka tersebut, yang menggunakan hak pilihnya sebanyak 77,44 persen atau 116.662.705 orang. Lalu, dari total jumlah suara, yang dinyatakan sah sebesar 97,94 persen atau 114.257.054 suara.
Hasilnya, SBY-Jusuf Kalla berhasil mengungguli Megawati-Hasyim Muzadi dengan rincian perolehan suara:
1. Megawati Soekarnoputri dan Hasyim Muzadi: 44.990.704 suara atau 39,38 persen;
2. Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla: 69.266.350 suara atau 60,62 persen.
Penyelenggaraan Pilpres 2004 yang dilaksanakan secara langsung dan demokratis ternyata tetap menimbulkan polemik.
Laporan Harian Kompas 17 Juli 2004 menyebutkan, terdapat elemen masyarakat seperti mahasiswa yang menuntut pembatalan hasil penghitungan suara.
Sekitar 15 mahasiswa yang tergabung dalam Central Election Watch (CEW) Himpunan Mahasiswa Islam Komisariat Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Walisongo Semarang mendesak pembatalan hasil pilpres.
Saat itu, mahasiswa meminta Komisi Pemilihan Umum (KPU) menganulir hasil pilpres 5 Juli 2004 karena cacat hukum, menyusul keputusan KPU mengesahkan surat suara yang tercoblos hingga tembus sampul.
Baca juga: Tim Relawan Pemenangan Ganjar Tak Yakin Projo Dukung Prabowo di Pilpres 2024