Imam juga yang saat itu banyak bertutur soal kaitan Al Zaytun dengan NII. Salah satu wawancara dengan Imam terkait hal itu dimuat harian Kompas pada edisi 7 Mei 2011.
Panji Gumilang pada saat itu sempat membantah keterkaitan Al Zaytun dengan NII. Bahkan, dia menyebut bahwa NII sudah mati, yang itu diberitakan harian Kompas di edisi 6 Mei 2011.
Sosok Panji Gumilang dan keterkaitannya dengan NII kemudian diungkap pula oleh Sukanto dan dimuat di harian Kompas edisi 9 Mei 2011. Dia mengaku sebagai aktivis NII pada kurun 1996-2001.
Sukanto bertutur sejarah panjang NII di Indonesia, dari pola perekrutan dan pendanaan, hingga upaya infiltrasi ke partai politik. Dari Sukanto ini juga diketahui nama lain Panji Gumilang adalah Abu Toto.
Berentet pemberitaan itu mendorong kepolisian membentuk tim khusus menyelidiki dugaan keterkaitan Al Zaytun dan NII. Namun, kasus itu berhenti di tengah jalan.
Justru, kasus yang naik kemudian adalah dugaan pemalsuan tanda tangan Imam oleh Panji Gumilang terkait peralihan kepemimpinan Al Zaytun.
Yang menarik, saat itu pun sudah ada pengerahan massa balik dari Al Zaytun sebagai respons atas desakan banyak pihak untuk mengusut keterkaitan pesantren itu dengan NII.
Seperti deja vu saja ketika pada beberapa waktu lalu aksi massa berbalas kumpulan massa lebih besar dari Al Zaytun.
Satu sisi lain yang turut terseret-seret dalam kontroversi Al Zaytun adalah soal lembaga pendidikan formal yang ada di pesantren ini.
Baca juga: Polemik Ponpes Al Zaytun, Pemerintah Diminta Pikirkan Hak Santri
Pada 2012, Kementerian Agama sempat menyatakan bahwa pendidikan formal di Al Zaytun tidak terafiliasi dengan NII ataupun aktivitas Panji Gumilang yang diduga terkait NII.
Namun, belakangan penilaian ini tampaknya berubah. Meski belum sampai kategori yang mengarah ke dugaan terorisme, pendidikan di Al Zaytun mulai disebut memenuhi kriteria radikalisme.
Walau demikian, persoalan ini tidak juga sederhana. Setidaknya, pelaporan Al Zaytun ke Mabes Polri berbalas pelaporan balik oleh para wali santri.
Baca juga: Aksi Saling Lapor Terkait Ponpes Al Zaytun di Bareskrim
Satu polemik yang baru belakangan muncul adalah dugaan penistaan agama. Kasus ini telah dilaporkan ke Mabes Polri.
Baca juga: Polri Selidiki Laporan Dugaan Penistaan Agama terhadap Pimpinan Ponpes Al-Zaytun
Ini terkait dengan sejumlah ajaran yang diduga dipraktikkan di Al Zaytun, antara lain mulai dari penataan shaf shalat berjamaah yang tidak sesuai syariat hingga dibolehkannya praktik zina meski menggunakan persyaratan tertentu.
Bahkan sejak mencuat pada 2011, dorongan untuk mengungkap sebenar-benarnya wajah pesantren Al Zaytun sudah menyebutkan perlunya itikad politik dari semua pemangku kepentingan.