Selama periode 2004-2009, Zainudin duduk di kursi anggota Komisi VII, lantas berpindah sebagai anggota Komisi IV DPR RI. Dia juga sempat menjabat sebagai anggota Badan Urusan Rumah Tangga (BURT) DPR RI.
Pada Pemilu 2009, Zainudin kembali mencoba peruntungannya dengan mencalonkan diri sebagai anggota legislatif dapil Jawa Timur VI.
Perolehan suaranya saat itu cukup mengantarkan Zainudin kembali ke kursi anggota DPR RI. Selama periode 2009-2014, dia menjabat sebagai Wakil Ketua Komisi VII.
Periode berikutnya, Zainudin lagi-lagi berhasil lolos Pemilu 2014 dari dapil Jawa Timur XI dan duduk di kursi DPR RI.
Selama masa jabatan 2014-2019, Zainudin menjabat sebagai anggota Komisi III, lalu anggota Komisi VIII, berpindah sebagai anggora Komisi I sekaligus anggota Badan Kerjasama Antar Parlemen (BKASP).
Dia juga sempat memimpin Komisi II DPR RI yang membidangi pemerintahan dalam negeri dan otonomi daerah, aparatur negara dan reformasi birokrasi, kepemiluan, serta pertanahan dan reforma agraria.
Kariernya tak hanya moncer di Parlemen. Di internal Partai Golkar, Zainudin sempat menjabat sebagai Sekretaris Jenderal selama 2015-2016. Lalu, selama 2014-2019, Zainudin tercatat menjabat Ketua DPP Golkar.
Pada Pemilu 2019, Zainudin sedianya kembali terpilih sebagai anggota DPR RI lewat dapil Jawa Timur XI. Dia bahkan sempat dipercaya sebagai Ketua Fraksi Partai Golkar periode 2019-2024.
Namun, lantaran ditunjuk sebagai pembantu presiden, Zainudin memutuskan untuk meninggalkan kariernya di Parlemen dan mengemban jabatan sebagai Menteri Pemuda dan Olahraga (Menpora).
Baca juga: Zainudin Amali, Menpora yang Hendak Mundur Punya Harta Kekayaan Rp 20,5 Miliar
Zainudin diperkenalkan sebagai Menpora oleh Jokowi di Istana Kepresidenan, 23 Oktober 2019. Saat itu, Jokowi mewanti-wanti Zainudin untuk mengurus sepak bola tanah air.
"Bapak Zainudin Amali, Menpora. Sepak bolanya, Pak," kata Jokowi ketika itu.
Lebih dari 3 tahun menjabat Menpora, pada pertengahan Februari kemarin Zainudin terpilih sebagai Wakil Ketua Umum PSSI periode 2023-2027.
Dalam Kongres Luar Biasa PSSI yang digelar Kamis (16/2/2023), pembantu presiden lainnya yakni Menteri BUMN Erick Thohir, terpilih sebagai Ketua Umum PSSI.
Bersama Erick Thohir dan jajaran pengurus PSSI, Zainudin telah menghadap Presiden Jokowi.
Dalam pertemuan yang berlangsung di Istana Negara, Senin (20/2/2023) itu, Zainudin mengungkapkan keinginannya untuk fokus sebagai Waketum PSSI.
Baca juga: Golkar Klaim Punya Banyak Kader untuk Gantikan Posisi Zainudin Amali sebagai Menpora