Isu utama yang mengganggu adalah perihal otonomi kawasan laut. Nelayan Tegal yang menggunakan cantrang sebagai alat tangkap datang ke perairan Natuna karena imbauan pemerintah agar mencari ikan di sana.
Tujuannya adalah untuk mengatasi nelayan-nelayan asing yang melakukan penangkapan ikan secara ilegal di perairan Indonesia.
Namun sayangnya, nelayan lokal di Natuna menolak kehadiran nelayan-nelayan dari Tegal. Mereka merasa alat tangkap cantrang yang digunakan oleh para pendatang tersebut akan menyulitkan mereka memperoleh ikan dengan menggunakan alat tangkap tradisional.
Baca juga: TNI AL Amankan Kapal Ikan Berbendera Vietnam di Laut Natuna Utara
Nelayan Natuna mencari ikan di perairan dekat pantai saja, dan tujuan mencari ikan hanya untuk keperluan subsistensi saja atau lebih untuk dikonsumsi sendiri.
Mereka mengusir nelayan-nelayan Tegal dengan cara mengganggunya, misalnya dengan melempari batu bahkan di waktu yang lalu konon pernah terjadi pembakaran perahu cantrang.
Akhirnya nelayan lokal dan nelayan cantrang pun melakukan perdamaian dengan cara musyawarah. Hasilnya, nelayan cantrang diperbolehkan menangkap ikan di daerah perairan perbatasan, sekitar 30 mil dari garis pantai.
Hal ini menyulitkan nelayan cantrang karena perairan yang diijinkan sudah memasuki kawasan laut dalam yang kuat arusnya. Alhasil perolehan tangkapan sangat kurang, sebagai contoh salah satu kapal nelayan Cantrang dari Tegal tahun ini mengalami kerugian sekitar Rp 500 juta.
Baca juga: Pertebal Kekuatan Pertahanan Udara, KSAU Resmikan 4 Satuan Baru di Natuna
Regulasi otonomi daerah memang juga mengatur kawasan perairan laut, tapi regulasi tersebut bukan berarti pemilikan sumber daya laut mutlak kepunyaan orang lokal.
Undang-Undang Otonomi Daerah sesungguhnya lebih menekankan pada pengawasan daerah serta lautnya dan pengaturan eksploitasi alam dengan tetap menjaga kelestarian lingkungan laut.
Belakangan ini Laut Natuna memanas dengan klaim pemilikan sepihak oleh China atas Laut China Selatan yang berdekatan dengan perairan Natuna yang termasuk wilayah Indonesia.
Beberapa negara tetangga seperti Filipina dan Malaysia memrotes tindakan China yang tidak mematuhi kesepakatan UNCLOS tentang batas teritorial perairan laut suatu negara.
Indonesia terkena imbasnya karena aktivitas kapal-kapal perang China di perbatasan perairan Laut Natuna. Tidak hanya itu perahu nelayan China juga dikabarkan sering memasuki perairan Indonesia dalam mencari ikan.