Pansus dan Pemerintah menilai, selama pelaksanaan Pasal 28 UU Otsus yang selama ini diartikan sebagai hadirnya partai politik lokal di Papua, telah menimbulkan kesalahpahaman antara pemerintah daerah dan pusat.
Pemerintah mengusulkan tiga pasal yang diubah yaitu Pasal 1 tentang ketentuan umum, Pasal 34 tentang Dana Otsus, dan Pasal 76 tentang Pemekaran Wilayah.
Sementara, 15 pasal lainnya diusulkan di luar pemerintah yaitu dari DPR dan masyarakat.
"Sehingga terdapat 18 pasal yang mengalami perubahan, dan dua pasal baru, jadi jumlahnya 20 pasal," kata Komarudin.
Baca juga: Risma Ancam Pindahkan PNS ke Papua, Sejarawan: Mengingatkan pada Pejabat Kolonial
Pasal-pasal yang diubah di antaranya Pasal 1, Pasal 4, Pasal 5, Pasal 6, Pasal 7, Pasal 11, Pasal 17, Pasal 20, Pasal 34, Pasal 36, Pasal 38, Pasal 56, Pasal 59, Pasal 68, Pasal 75, Pasal 76.
Lalu, Pasal yang ditambahkan yaitu Pasal 6A mengatur ketentuan tentang keberadaan Dewan Perwakilan Rakya Kabupaten/Kota (DPRK), dan Pasal 68A tentang ketentuan pembentukan badan pengawas khusus yang bertanggungjawab langsung kepada presiden.
Salah satu yang menjadi sorotan dalam UU Otsus Papua adalah akan dibentuknya badan khusus yang bertugas mengawasi pelaksanaan otsus.
Ketua Pansus Komarudin Watubun mengatakan bahwa badan khusus tersebut memiliki nama Badan Khusus Percepatan Pembangunan Papua (BK-P3).
Ia berpandangan, kehadiran badan khusus ini karena Pansus dan Pemerintah menyadari adanya banyak program yang dilakukan di kementerian/lembaga di Papua tidak sinkron dan harmonis.
Baca juga: RUU Otsus Papua Disahkan, Wapres Akan Pimpin Badan Khusus di Papua
Komarudin menjelaskan, Pansus memberikan penekanan agar lembaga kesekretariatan berada di Papua.
Menurut dia, hal tersebut merupakan simbol menghadirkan Istana di Papua, sebagaimana dicita-citakan Presiden Joko Widodo.
Menindaklanjuti RUU Otsus Papua yang disahkan, Menteri Dalam Negeri Tito Karnavian mengaku, pemerintah akan melakukan sosialisasi pada stakeholder tingkat pusat dan daerah.
Selain itu, pemerintah juga akan menyusun peraturan pelaksanaan dalam bentuk peraturan pemerintah.
"Sebagaimana yang diamanatkan oleh undang-undang tentang perubahan kedua atas UU Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua," kata Tito dalam rapat paripurna.
Tito mengeklaim, RUU Otsus Papua merupakan suatu UU yang baru baik di bidang politik, keuangan dan ekonomi.
Contohnya, kata dia, RUU ini memutuskan untuk meningkatkan dana Otsus dari 2 persen menjadi 2,25 persen dari Dana Alokasi Umum (DAU).
Pada bidang politik, RUU ini juga diklaim mengakomodasi Orang Asli Papua dengan memberikan kesempatan luas berpartisipasi dalam bidang politik.
Baca juga: RUU Otsus Papua Disahkan, Mendagri Sebut Pemerintah Akan Susun PP