Pada tahun ini juga, Nurmahmudi Ismail ditawari jabatan Menteri Kehutanan
di Kabinet Persatuan Nasional bentukan Presiden Abdurrahman Wahid pada Oktober 1999.
Ia menyetujui tawaran tersebut dan menyerahkan jabatan presiden partai kepada Hidayat Nur Wahid.
Pemilu 2004
Dengan bergantinya PK menjadi PKS, partai ini kembali bertarung di Pemilu 2004. Suara PKS meningkat pesat dengan meraih total 8,325,020 suara, sekitar 7.34 persen dari total perolehan suara nasional.
PKS berhak mendudukkan 45 wakilnya di DPR dan menduduki peringkat keenam partai dengan suara terbanyak.
Presiden PKS saat itu, Hidayat Nur Wahid, terpilih sebagai ketua Majelis Permusyawaratan Rakyat dengan 326 suara, mengalahkan Sutjipto dari PDI-P dengan 324 suara.
Setelah terpilih sebagai Ketua MPR, Hidayat menyerahkan jabatan presiden kepada Tifatul Sembiring.
Baca juga : Pintu PKS Selalu Terbuka untuk Fahri Hamzah, tetapi...
Pada Pilpres 2004, PKS semula mendukung pasangan Amien Rais-Siswono Yudo Husodo. Namun, pasangan ini kalah di putaran pertama. PKS dan PAN akhirnya mengalihkan dukungan kepada Susilo Bambang Yudhoyono-Jusuf Kalla di putaran kedua. Pasangan ini kemudian keluar sebagai pemenang.
Setelah itu, PKS terus mendukung 5 tahun pemerintahan SBY dan mendapatkan jatah menteri.
Pemilu 2009
Pada pemilu kali ini, PKS berhasil meraih total 8.206.955 atau 7,88 persen. Hasil ini membuat kursi PKS di Senayan meningkat menjadi 57 kursi.
Pada Pilpres 2009, PKS juga berhasil membawa SBY yang berpasangan dengan Boediono melanjutkan jabatan hingga periode kedua. PKS kembali mendapatkan jatah menteri di kabinet.
Salah satunya adalah Tifatul Sembiring yang ditunjuk sebagai Menteri Komunikasi dan Informatika. Setelah menjabat menteri, Tifatul melepas jabatan Presiden PKS dan menyerahkan ke Luthfi Hasan Ishaaq.
Namun, pada 2013, Luthfi Hasan Ishaaq ditangkap Komisi Pemberantasan Korupsi atas dugaan suap impor daging sapi. Luthfi Hasan kemudian mundur dan posisinya diambil alih oleh Anis Matta.
Pemilu 2014