Ia menyebutkan, pada 2011, Sofyan Djalil pernah meminta agar LKPP dan Kemendagri tidak berselisih di media soal masalah dalam proyek pengadaan e-KTP.
"Waktu itu rapat di Kantor Wapres, Pak Sofyan Djalil yang memimpin rapat minta supaya tidak ribut-ribut di media soal e-KTP," ujar Setya Budi.
Saat itu, LKPP mengkritisi adanya temuan dugaan penyimpangan dalam proses pengadaan proyek e-KTP.
Baca juga: Novanto Kaget Proyek E-KTP Dibahas di Kantor Wapres Era SBY
Gamawan Fauzi yang saat itu sedang menjabat sebagai Menteri Dalam Negeri, tidak terima dengan tudingan LKPP.
Gamawan kemudian melaporkan hal itu kepada Presiden saat itu, Susilo Bambang Yudhoyono.
Menurut Setya, SBY menugaskan Boediono untuk menyelesaikan masalah antara LKPP dan Kemendagri. Kedua pihak kemudian dipertemukan di Kantor Wapres.
Dalam pertemuan itu, LKPP tetap pada keyakinan bahwa terjadi penyimpangan dalam proses lelang proyek e-KTP. LKPP berkeras bahwa kontrak pengadaan e-KTP harus dibatalkan.
Namun, Sofyan Djalil meminta agar proyek tetap dilaksanakan. Akhirnya, LKPP menarik diri dari pendampingan proyek.
"Waktu itu alasannya karena e-KTP dibutuhkan untuk pemilu. Akhinya tetap dilanjutkan," kata Setya.