Gagasan dan cita-cita Wahidin mulai terwujud saat para siswa STOVIA sepakat untuk membentuk organisasi.
Para siswa menghendaki agar organisasi itu tidak hanya mengurusi soal pendidikan, melainkan juga menyadarkan penduduk Jawa.
Pada 20 Mei 1908 berdirilah sebuah organisasi dengan nama Boedi Oetomo, dan Soetomo terpilih sebagai ketua.
(baca: Boedi Oetomo, Sang Penanda Kebangkitan Nasionalisme)
Saat kongres pertama pada 3-5 Oktober 1908 di Yogyakarta, kepemimpinan Boedi Oetomo beralih ke tangan kaum tua.
Soetomo hanya mendapat peran terbatas dengan menjabat sebagai ketua Boedi Oetomo cabang Jakarta.
Namun, peran yang terbatas itu justru membuat Soetomo dapat berkonsentrasi untuk menyelesaikan studinya.
Soetomo tamat dari STOVIA tahun 1911. Selama delapan tahun berikutnya, Soetomo mendapat penugasan sebagai dokter di berbagai kota.
Pada masa itu, Soetomo banyak melihat realitas masyarakat Indonesia yang sesungguhnya.
Gagasan kebangkitan Jawa memudar dan kesadaran baru tentang kebangkitan Indonesia mulai berkobar.
Pada 1919 Soetomo melanjutkan studinya di Universitas Amsterdam. Di sana wawasan dan kesadaran baru Soetomo semakin menemukan bentuknya.
Soetomo pun aktif bergabung dengan Perhimpunan Indonesia.
Aktif di Perhimpunan Indonesia membuat wawasan dan kesadaran Soetomo tentang keindonesiaan menjadi semakin kental dan kelak memengaruhi sikap politiknya saat kembali ke Indonesia.
Di Indonesia, Soetomo mendirikan kelompok studi Indonesische Studieclub atau Kelompok Studi Indonesia pada 11 Juli 1924.
Kelompok studi ini merupakan organisasi orang Jawa yang mendapatkan pendidikan Barat.