Komisi III pernah mempermasalahkan latar belakang pendidikan Johan yang bukan di bidang hukum. Mengenai hal tersebut, Johan kembali menyerahkannya kepada Komisi III.
"Terserah Komisi III kalau dipilih. Kalau enggak, ya enggak. Sekarang bola ada di Komisi III," kata Johan. (Baca: Jokowi: Menurut Undang-undang, DPR Harus Pilih Capim KPK yang Diajukan Pemerintah)
Dalam empat kali rapat dengar pendapat dengan Pansel KPK, mayoritas anggota Komisi III masih mempermasalahkan beberapa hal, selain unsur kejaksaan.
Misalnya, ada capim KPK yang diduga melanggar pasal 29 Huruf D UU KPK karena tidak memiliki pengalaman minimal 15 tahun dalam bidang hukum, keuangan, ekonomi, dan perbankan. (Baca: Komisi III Kembali Gantung Nasib Capim KPK)
Komisi III juga mempermasalahkan pembagian delapan capim KPK menjadi empat bidang, yaitu bidang pencegahan, bidang penindakan, bidang manajemen dan bidang supervisi, serta koordinasi dan monitoring.
Ketua Komisi III DPR Aziz Syamsudin membantah Komisi III sengaja mengulur-ulur waktu fit and proper test hingga melewati batas waktu kerja pimpinan KPK pada 16 Desember 2015. (Baca: Usai Gantung Nasib Capim KPK, Fraksi-fraksi Saling Tuding)
Namun, Aziz tidak bisa memberi jaminan apakah fit and proper test bisa digelar sebelum tenggat waktu itu.
Menurut dia, tiga pelaksana tugas pimpinan KPK yang ditunjuk melalu perppu, yakni Taufiequrachman Ruki, Indrianto Seno Adji, dan Johan Budi, bisa tetap menjabat sampai adanya pimpinan baru.
Hanya Zulkarnaen dan Adnan Pandu Praja yang akan habis masa jabatannya pada 16 Desember 2015. (Baca: Pansel Kecewa jika DPR Kembalikan Capim KPK ke Presiden)
"Dengan tiga plt pimpinan, KPK bisa berjalan karena sifatnya kolektif kolegial," ucap Aziz.
Adapun delapan nama capim KPK hasil seleksi pansel yang diserahkan pemerintah ke DPR adalah Saut Situmorang dan Surya Chandra (bidang pencegahan); Alexander Marwata dan Basaria Panjaitan (bidang penindakan); Agus Raharjo dan Sujanarko (bidang manajemen), serta Johan Budi Sapto Prabowo dan Laode Muhammad Syarif (bidang supervisi).
Selain delapan nama itu, ada dua nama calon pimpinan KPK yang sudah dipilih sebelumnya, yakni Busyro Muqoddas dan Roby Arya Bharata.