Partai Bulan Bintang menjadi peserta Pemilu 1999, 2004, 2009, 2014, dan 2019.
Sebagai partai politik baru Pada Pemilu 1999, Partai Bulan Bintang meraih 2.048.708 suara atau 1.94 persen dan meraih 13 kursi di Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) Republik Indonesia.
Pada Pemilu 2004, Partai Bulan Bintang meraih 2.970.487 suara atau 2,62 persen. Akan tetapi, jumlah kursi yang mereka dapatkan di DPR turun menjadi 11 kursi dari Pemilu 1999.
Pada pemilihan presiden 2004, Partai Bulan Bintang ikut mengusung pasangan Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla yang akhirnya menang.
Baca juga: Aldi Taher Bergabung ke Partai Bulan Bintang
Dalam Pemilu 2009, PBB memperoleh 1.864.752 suara setara dengan 1.79 persen. Namun, akibat diberlakukannya sistem ambang batas parlemen (parliamentary threshold) untuk bisa lolos ke parlemen sebesar 2,5 persen, maka PBB tidak mendapatkan kursi di DPR RI.
Kemudian pada Pemilu 2014, PBB memperoleh 1.825.750 suara yang setara dengan 1.46 persen. Saat itu PBB kembali tidak bisa mendapatkan kursi di DPR karena sistem parliamentary threshold 2,5 persen.
Pada Pemilu 2019, perolehan suara Partai Bulan Bintang kembali turun menjadi 1.099.848 atau setara 0.79 persen. Karena aturan ambang batas parlemen maka PBB kembali tidak mendapatkan kursi di DPR.
Akan tetapi, pada pemilihan presiden 2019, Partai Bulan Bintang mendukung pasangan Joko Widodo dan Kyai Haji Ma’ruf Amin yang memenangkan pemilihan .
Sedangkan untuk tingkat Dewan Perwakilan Daerah Provinsi (DPRD), pada 2014 PBB memperoleh 16 kursi di 10 provinsi.
Baca juga: Partai Bulan Bintang: Sekarang Kami Viral Lagi, Itu Hal Positif
Kemudian pada 2019, perolehan kursi PBB di DPRD turun menjadi 7 dan hanya di 5 provinsi. Saat itu PBB meloloskan wakilnya di DPRD Provinsi Jawa Timur, Nusa Tenggara Barat, Kalimantan Utara, Sulawesi Tenggara, dan Maluku Utara.
Selain itu, mereka kehilangan perwakilan di DPRD Provinsi Aceh, Sumatra Barat, Jambi, Sumatra Selatan, Kepulauan Bangka Belitung, Sulawesi Selatan, dan Sulawesi Tengah.