Pasukan yang terdiri dari TNI dan rakyat pun mengingkir ke bukit, lembah, dan pelosok untuk menyusun rencana serangan balik terhadap tentara Belanda.
Baca juga: Perjalanan Rahasia Soeharto: Menginap di Rumah Warga hingga Bekal Beras dan Tempe
Setelah perencanaan yang matang, tepat pukul 06.00 WIB 1 Maret 1949 sirine dibunyikan, tanda serangan dimulai.
Serangan secara besar-besaran serentak dilakukan di seluruh wilayah Yogyakarta dan sekitarnya.
Dalam penyerangan ini, Soeharto langsung memimpin pasukan dari sektor barat sampai ke batas Malioboro.
Sementara, sektor timur dipimpin Ventje Sumual, sektor selatan dipimpin Mayor Sardjono, dan sektor utara oleh Mayor Kusno. Lalu, sektor kota dipimpin olej Letnan Amir Murtono dan Letnan Masduki.
Baca juga: Profil Soekarno, Bapak Proklamator dan Presiden Pertama RI
Dalam waktu singkat, Belanda berhasil dipukul mundur dan meninggalkan pos-pos militer mereka. Sejumlah persenjataan yang dimiliki Belanda pun berhasil direbut tentara Indonesia.
Pasukan TNI berhasil menduduki kota Yogyakarta selama 6 jam. Tepat pukul 12.00 WIB, sebagaimana yang telah direncanakan, seluruh pasukan TNI mundur dan kembali menuju pangkalan gerilya.
Serangan ini bertujuan untuk membuktikan ke dunia internasional bahwa TNI masih ada. Meski hanya menguasai Yogyakarta selama 6 jam, serangan ini berhasil memperlihatkan eksistensi tentara Indonesia.
Situasi ini membawa dampak yang sangat besar bagi Indonesia yang sedang bersidang di Dewan Keamanan Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) karena mampu memperkuat posisi tawar RI dalam perundingan.
Versi lain menyebutkan bahwa Soeharto turut menggagas peristiwa Serangan Umum 1 Maret.
Dalam buku otobiografi Soeharto: Pikiran, Ucapan dan Tindakan Saya, Soeharto mengatakan bahwa dia marah setelah mendengar siaran radio pada awal Februari 1949 yang melaporkan tentang perdebatan antara delegasi Indonesia dan Belanda di PBB.
Saat itu, perwakilan Belanda menyatakan di depan PBB kalau Republik Indonesia dan TNI sudah hancur.
Baca juga: Kisah Cinta Soeharto-Ibu Tien, Perjodohan, dan Kesedihan di TMII
Belanda juga mengeklaim berhasil menguasai Ibu Kota Yogyakarta pada 19 Desember 1948 lewat Agresi Militer ke-II. Tak hanya itu, Belanda juga menyampaikan bahwa mereka menangkap dan mengasingkan Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Mohammad Hatta ke Bangka Belitung.
Lewat bukunya, Soeharto lantas mengatakan dia menggagas Serangan Umum 1 Maret.
Namun demikian, klaim Soeharto itu diragukan sejumlah kalangan. Menurut Batara R. Hutagalung yang menulis buku Serangan Umum 1 Maret 1949: Perjuangan TNI, Diplomasi dan Rakyat, Soeharto saat itu masih punya atasan yakni Kolonel Bambang Soegeng sebagai Komandan Divisi III.