Tak lama setelah Irian Barat resmi dalam pangkuan Indonesia, kabar buruk datang dari markas satuannya.
Pada akhir 1964, para perwira RPKAD menggelar petemuan. Topik utama pertemuan ini adalah membahas penghapusan tentara RPKAD yang cacat.
Pembahasan ini tentu menjadi ancaman bagi Agus. Sebab, kala itu Agus hanya memiliki satu kaki.
Baca juga: Saat Pengiriman 2 Kapal Selam RI dari Uni Soviet Diintai Pesawat AS
Tetapi, keputusan para petinggi RPKAD menghapus tentara cacat ditentang Moerdani yang ketika itu menjadi atasan Agus.
Sikap Moerdani sangatlah mengandung risiko besar. Walhasil, Moerdani "dibuang" dari RPKAD ke Kostrad karena dianggap membangkang keputusan pimpinan.
Di sisi lain, upaya pembelaan Moerdani tak membuat Agus tetap bertahan dan akhirnya dikeluarkan dari RPKAD.
Dikutip dari buku "Bagimu Negeri, Jiwa Raga Kami" karya Bob Heryanto Hernoto, mengetahui bekas anak buahnya dikeluarkan dari RPKAD, Moerdani akhirnya menarik Agus untuk bergabung di unit intelijen Kostrad.
Sejak itulah, Agus melanjutkan karier militernya di dunia intelijen. Moerdani dan Agus lalu bergabung dengan Operasi khusus (Opsus) yang dipimpin oleh Ali Moertopo.
Keduanya bertanggung jawab langsung kepada Presiden Soeharto. Di dalam Opsus, Agus menjadi orang kepercayaan Ali dan Moerdani.
Bahkan, siapa pun yang ingin bertemu dengan Ali dan Moerdani harus melalui Agus, sehingga muncul ungkapan "Agus itu Opsus. Opsus itu Agus".
Di dalam Opsus Agus bertugas menjadi semacam Komandan Detasemen Markas atau Dandenma yang mengatur segala hal terkait operasi-operasi opsus.
Dia juga terlibat dalam berbagai operasi Opsus di Irian Barat dan Timor-Timur.
Agus juga sempat mendapat penghargaan Bintang Sakti dari pemerintah setelah ada kesaksian akan keberaniannya saat berhadapan dengan tentara Belanda saat ditawan.
Tak banyak prajurit meraih penghargaan tertinggi di militer ini. Hanya mereka yang menunjukkan sikap luar biasa dalam tugas negara yang pantas menyandangnya. Agus satu diantaranya.
Baca juga: Kisah Pesawat Pengebom Tu-16 AURI Lolos Kejaran Jet Javelin Inggris
Malahan, Presiden Soeharto disebut-sebut selalu mengingat Agus. Setiap mereka bertemu, Soeharto pasti selalu menanyakan kondisi kaki Agus.