Persoalan status
Pada 2012, Novel menjadi satu dari 13 penyidik KPK yang ditarik kembali oleh Markas Besar Polri.
(Baca: Ini Alasan Polri Tarik Penyidik KPK)
Saat itu, Novel diketahui sebagai pimpinan satuan tugas penyidikan kasus dugaan korupsi proyek simulator ujian SIM.
Sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 63 Tahun 2005, penyidik yang sudah bertugas selama empat tahun di KPK dapat diperpanjang masa baktinya hingga empat tahun lagi.
Setelahnya, penyidik itu boleh memilih apakah akan kembali ke institusi asalnya atau menjadi pegawai tetap KPK.
Pada akhirnya, Novel memilih untuk bertahan di KPK dan tidak kembali ke institusi awalnya.
Belakangan, status penyidik tersebut sering digunakan sebagai materi praperadilan dari para tersangka yang ditangani KPK. (Baca: Mantan Direktur Pertamina Persoalkan Status Penyidik KPK dalam Praperadilan)
Tuduhan pembunuhan Sejumlah Kasus yang Ditangani
Peristiwa yang dituduhkan kepada Novel terjadi saat ia baru empat hari menjabat Kepala Satuan Reserse Kriminal Kepolisian Resor Kota Bengkulu.
Pada 18 Februari 2004, anak buahnya menganiaya tersangka pencuri sarang burung walet.
Saat itu, Novel tidak ada di tempat kejadian perkara. Namun, belakangan, dia disalahkan karena dianggap bertanggung jawab atas perilaku anak buahnya.
Novel sudah menjalani pemeriksaan kode etik di Polres Bengkulu dan Polda Bengkulu. Dari hasil pemeriksaan, Novel dikenai sanksi berupa teguran.
Ketegangan antara KPK dan Polri dalam kasus Novel sempat mereda saat Susilo Bambang Yudhoyono yang saat itu menjabat Presiden menyatakan bahwa penetapan Novel sebagai tersangka tidak tepat dalam hal waktu dan cara.
Berkas perkara Novel kemudian digantung. Namun, SBY tak memastikan Novel bebas dari jerat hukum.
Pada 1 Juni 2015, penyidik Direktorat Tindak Pidana Umum Bareskrim Mabes Polri pimpinan AKBP Agus Prasetyono menggerebek kediaman Novel di Kelapa Gading, Jakarta Utara.
(Baca: Pengacara Sebut Novel Baswedan Resmi Ditahan Polda Bengkulu)
Polisi menangkap dan membawanya ke Mabes Polri atas tuduhan pembunuhan pencuri sarang burung walet.