Pada Januari 1994, Muchtar kemudian ditahan di Semarang, Agustus 1994 dipenjarakan di Medan dan bebas pada Mei 1995.
Disertasi itu kemudian diterbitkan menjadi buku berjudul DPR RI Semasa Orde Baru (1994)
Namun, Muhctar kembali mendekam penjara pada 1996 di LP Cipinang. Ia keluar-masuk penjara akibat rangkaian disertasi yang selanjutnya terbit buku "Potret Negara Indonesia", yang isinya diperlukan reformasi sebagai alternatif revolusi.
Saat itu, Muchtar terancam hukuman mati karena melakukan subversi terhadap Presiden Soeharti.
Ketika Muchtar di penjara, lagu-lagu perjuangan dan lagu rohani tercipta dan hingga kini masih didendangkan. Total ada 25 lagu ciptaan Muchtar.
Pada 2003, Muchtar kemudian mendirikan Partai Buruh Sosial Demokrat (PBSD) dan di partai tersebutlah ia menjadi ketua umum.
Muchtar mendirikan partai ini tak lepas akibat kekecewaannya terhadap teman-temannya yang duduk di DPR RI karena menyetujui outsourcing dan kontrak dimasukkan dalam UU Nomor 13 Tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan.
Ketika menjadi Ketua Umum PBSD, ia harus meninggalkan beberapa jabatan lainnya, yaitu sebagai Ketua Umum DPP SBSI, Governing Body ILO dan Wakil Presiden Konfederasi Buruh Sedunia.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.