Empat tahun berselang, pada 9 Agustus 2010, Ba'asyir kembali ditangkap. Densus 88 mencegatnya di daerah Banjar Patroman, Jawa Barat.
Ia ditangkap paksa saat dalam perjalanan menuju Solo, Jawa Tengah. Ba’asyir ditangkap bersama dua belas orang yang mendampingi perjalanannya.
Saat itu, Ba’asyir didakwa atas dugaan keterlibatannya dalam pelatihan militer kelompok teroris di Aceh.
Pada 2011 Pengadilan Negeri Jakarta Selatan memvonis Ba’asyir dengan hukuman penjara selama 15 tahun. Kini ia terhitung telah menjalani masa hukumannya selama sembilan tahun.
Baca juga: Cerita di Balik Jeruji, Keseharian Abu Bakar Baasyir Sebelum Bebas
Amir Jemaah Ansharut Tauhid (JAT) itu sedianya hampir bisa menghirup udara bebas dengan proses pembebasan yang pernah berlangsung pada 2019.
Saat itu, mantan Ketua Umum Partai Bulan Bintang Yusril Ihza Mahendra turut turun tangan dalam proses pembebasan Ba’asyir yang sempat disetujui Jokowi. Kala itu Yusril berkedudukan sebagai penasihat jukum pribadi Jokowi.
Menurut Yusril, inisiatif pembebasan Ba’asyir muncul dari Jokowi karena alasan kemanusiaan. Menurut Yusril, Presiden tak tega melihat kondisi kesehatan Ba’asyir di usianya senjanya.
Jokowi pun membenarkan bahwa ia telah menyetujui pembebasan terpidana kasus terorisme Abu Bakar Ba’asyir.
Baca juga: Maju Mundur Pembebasan Abu Bakar Baasyir
Menurut Jokowi, Ba’asyir yang belum menjalani seluruh masa hukumannya dibebaskan karena alasan kemanusiaan.
"Ya yang pertama memang alasan kemanusiaan, artinya Beliau kan sudah sepuh (tua). Ya pertimbangannya pertimbangan kemanusiaan. Karena sudah sepuh. Termasuk ya tadi kondisi kesehatan," kata Jokowi pada 18 Januari 2019.
Namun, tiga hari berselang sikap pemerintah berubah 180 derajat.
Diwakili Wiranto, Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan (Menko Polhkam) saat itu, pemerintah menyatakan pembebasan Ba’asyir membutuhkan pertimbangan dari sejumlah aspek terlebih dahulu.
"(Pembebasan Ba'asyir) masih perlu dipertimbangkan dari aspek-aspek lainnya. Seperti aspek ideologi Pancasila, NKRI, hukum dan lain sebagainya," kata Wiranto pada 21 Januari.
Baca juga: Soal Wacana Pembebasan Baasyir, Manajemen Pemerintah Dinilai Buruk