Kemenkes Minta Pemda Tingkatkan Deteksi Kasus Varian Covid-19 melalui PCR metode SGTF dan WGS

JAKARTA, KOMPAS.com - Kementerian Kesehatan (Kemenkes) meminta seluruh pemerintah daerah untuk meningkatkan kegiatan surveilans untuk kepentingan deteksi kasus varian Covid-19 dengan mempertimbangkan situasi epidemiologis dan kapasitas respons.

Hal tersebut tertuang di dalam Surat Edaran Kemenkes Nomor SR.01.06/II/592/2022 tentang Penguatan Deteksi Kasus Varian Virus SAR-CoV-2 dari Covid-19.

SE ini ditetapkan oleh Sekretaris Jenderal Kemenkes Kunta Wibawa Dasa Nugraha pada 28 Januari 2022.

Dalam SE itu disebutkan bahwa Pemda dalam hal ini yaitu gubernur, bupati/walikota, kepala dinas kesehatan provinsi, kepala dinas kesehatan kabupaten, direktur rumah sakit vertikal, kepala laboratorium daerah, dan kepala balai besar teknik kesehatan lingkungan dan pengendalian penyakit (BBTKL-PP) di seluruh Indonesia diminta untuk meningkatkan deteksi kasus melalui tes PCR metode S-gene Target Failure (SGTF) dan Whole Genome Sequencing (WGS).

Adapun ketentuan pemeriksaan tes PCR metode SGTF sebagai berikut:

a. Seluruh spesimen kasus konfirmasi Covid-19 dilakukan pemeriksaan Polymerase Chain Reaction (PCR) SGTF.

b. Koordinator pemeriksaan SGTF di setiap provinsi adalah Laboratorium Pembina Provinsi yang ditetapkan dengan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/4642/2021 tentang Penyelenggaraan Laboratorium Pemeriksaan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), serta berkoordinasi dengan Dinas Kesehatan Provinsi setempat.

c. Spesimen dikirimkan ke laboratorium pemeriksa Polymerase Chain Reaction (PCR) SGTF sesuai daftar.

d. Pencatatan dan pelaporan hasil pemeriksaan SGTF dilaksanakan melalui aplikasi New All Record (NAR) TC-19.

e. Kemenkes akan mengirimkan reagen untuk pemeriksaan SGTF ke setiap provinsi berdasarkan perhitungan kasus konfirmasi Covid-19 yang telah dilaporkan melalui aplikasi New All Record (NAR) TC-19 dan akan diperbarui setiap bulan.

Pemeriksaan WGS

Dalam SE tersebut juga disebutkan bahwa pemeriksaan WGS dilakukan untuk monitoring varian virus Corona dan penguatan surveilans genomik Covid-19.

Kemudian, koordinator pemeriksaan dan pengiriman spesimen WGS adalah Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan.

"Semua pengirim spesimen wajib memberikan tembusan kepada Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Badan Kebijakan Pembangunan Kesehatan," demikian bunyi SE tersebut dikutip pada Senin (31/1/2022).

Selain itu, pemeriksaan WGS dilakukan sesuai target bulanan yang dihitung secara proporsional.

Kriteria kasus Covid-19 yang diperiksa melalui WGS, sebagai berikut:

1. Semua penderita konfirmasi yang dirawat di rumah sakit dengan gejala berat dan/atau meninggal dunia.

2. Hasil tracing dari kasus positif (kontak) di antaranya yaitu:

a. Dirawat di rumah sakit dengan gejala klinis sakit berat atau meninggal dunia sesuai ketentuan dalam Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/MENKES/4842/2021 tentang Jejaring Laboratorium Surveilans Genom Virus SARs-CoV-2.

b. Kasus klaster pada kondisi khusus yaitu klaster dengan jumlah lebih dari 25 kasus, maka jumlah sampel ditambah 3-5 sampel dari setiap kasus indeks.

3. Orang dengan riwayat infeksi dan infeksi ulang.

4. Orang yang berpartisipasi dalam uji coba vaksin dan atau telah divaksinasi secara lengkap (full dose).

5. Anak-anak dengan usia di bawah 18 tahun pada daerah yang terjadi peningkatan kasus pada anak.

6. Pelaku perjalanan internasional, pelintas batas negara, dan pekerja migran yang tiba di Indonesia.

Adapun kriteria spesimen yang diperiksa dalam WGS, sebagai berikut:

1. Spesimen yang telah positif virus SARS-CoV-2 dengan Ct (cycle threshold) gen target (RT-PCR) < 30.

2. Spesimen dari kasus-kasus konfirmasi Covid-19 yang dikirim untuk WGS harus telah dilaporkan ke New All Record (NAR) TC-19.

3. Spesimen berupa sampel swab di dalam VTM (Viral Transport Medium) dengan volume 2 600pL.

4. Spesimen yang tersisa untuk pemeriksaan WGS, disimpan di lemari pendingin suhu 2-80C selama maksimal 12 sejak hari pengambilan.

5. Jika pengiriman akan dilakukan lebih dari 7 hari sejak hari pengambilan, maka spesimen disimpan terlebih dahulu di lemari pendingin suhu 2-8 Celcius dan hindari proses beku cair berulang yang akan menimbulkan kerusakan pada sampel.

Selanjutnya, spesimen positif Covid-19 siap untuk dikirimkan ke laboratorium guna dilakukan surveilans genome.

Terakhir, mekanisme pencatatan dan pelaporan Melalui aplikasi integrasi WGS dan New All Record (NAR) TC-19 serta melalui hitps://bitly/laporan WGS.

Adapun surat hasil pemeriksaan dengan ditembuskan kepada Pusat Penelitian dan Pengembangan Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan.