Hingga kini, bentuk organisasi Gafatar beserta paham dan kegiatannya masih simpang siur karena berbeda di setiap daerahnya.
Mantan pengurus Gafatar mengungkapkan Gafatar adalah organisasi kebangsaan yang bergerak di bidang sosial, bukan berbasis agama. Namun, organisasi itu telah bubar pada 2015 lalu,
"Karena dianggap sesat oleh ulama, pada tahun 2015 lalu, secara nasional organisasi Gafatar bubar," kata Iwan (bukan nama sebenarnya) yang sempat menjadi Ketua DPD Gafatar Yogyakarta.
Setelah resmi bubar, Iwan mengaku tidak lagi berkomunikasi dengan Gafatar Nasional. Saat muncul eksodus dari Yogyakarta ke Kalimantan bagi pengikut Gafatar, dia tidak mengetahuinya.
Dia juga membantah bahwa organisasinya melarang anggotanya untuk beribadah atau menjalankan puasa. "Kami bergerak di bidang sosial, jadi tidak ada yang melarang untuk beribadah. Itu bukan Gafatar," kata dia.