Di negara kesatuan prinsip manajemen kekuasaan pemerintahan itu penggunaannya berada di tangan pemerintah pusat. Adapun kekuasaan di pemerintah daerah dilakukan melalui asas desentralisasi dari pemerintah pusat.
Sistem desentralisasi itu tidak memberikan seluruh kewenangan pemerintah itu kepada pemerintah daerah, melainkan memberikan sebagian kewenangan pemerintah pusat kepada pemerintah daerah. Bukan seperti undang-undang tentang pemerintahan daerah yang menyatakan bahwa seluruh kewenangan pemerintahan berada di daerah, kecuali enam kewenangan absolut yang di pemerintah pusat.
Adapun cara mendelegasikan kewenangan itu berdasarkan prinsip the pleasure of central government,tergantung pada kemurahan hati pemerintah pusat. Dari sistem ini, maka di negara kesatuan adakalanya berlaku sentralisasi (pemerintahan Orde Baru) dan ada pula yang luas desentralisasinya (seperti sekarang ini). Prinsip otonomi sebenarnya bukan melekat pada sistem negara kesatuan, melainkan amat sesuai digunakan oleh pemerintah federalistik karena negara-negara yang otonom (states) sepakat melimpahkan kewenangannya yang pelaksanaannya lebih baik dilaksanakan oleh pemerintah federal yang dibentuknya.
Negara kita menggunakan otonomi semula untuk membedakan antara pemerintah daerah yang bersifat administratif dan yang otonom. Adapun pemerintah daerah otonom itu adalah pemerintah daerah yang mampu membuat sendiri peraturan daerahnya, mampu membiayai sendiri dengan anggaran daerahnya, dan yang dilaksanakan oleh pegawai daerah sendiri. Membuat sendiri peraturan daerah mengharuskan pemerintah daerah otonom harus ada lembaga DPRD, dan mempunyai APBD sendiri beserta pegawai daerah sendiri (lihat UU No 5 Tahun 1974).
Semenjak reformasi pemerintahan daerah yang otonom ditegaskan untuk memberikan diskresi kepada daerah untuk mengatasi masalah-masalah daerahnya sehingga mampu melahirkan suatu tata pemerintahan daerah yang bisa menyejahterakan rakyat daerahnya, bukannya menyejahterakan pimpinan daerahnya.
Demikian pula di negara kesatuan tidak diperlukan pemikiran tentang titik berat otonomi daerah, apakah di pemerintah daerah kabupaten/kota atau di pemerintah provinsi. Karena prinsipnya di negara kesatuan kepentingan pemerintah pusat diwujudkan membentang di seluruh jajaran atau tingkatan pemerintahan dari pusat sampai pada tingkat terbawah.
Ibarat wayang kulit, batang tubuh wayang kulit yang lemas itu tidak bisa dijalankan oleh dalang jika wayang itu tidak digapit oleh kayu penjalin kecil yang kuat membujur dari kepala (puncak) sampai di bawah sehingga bisa ditancapkan pada batang pisang oleh si dalang. Tidak ada wayang kulit yang kayu penggapitnya itu lemas, apalagi hanya sampai di tengah-tengah tubuh wayang.