Sabtu sekitar pukul 01.00 tim polisi antiteror menyerbu sebuah rumah di Perumahan Puri Nusa Phala di Jatiasih. Rumah itu disewa laki-laki yang mengaku bernama Ahmad Fery yang tak lain adalah Amir Abdillah, yang ditangkap Kamis (6/8) di kawasan Semper, Jakarta Utara. Amir—karyawan hotel berbintang di Jakarta—adalah pemesan kamar bernomor 1808 di Hotel JW Marriott.
Polisi membuntuti mobil Daihatsu Xenia warna merah bernomor polisi AD 9324 DD sejak dari Solo, Jawa Tengah. Mobil itu tiba di rumah Blok D Nomor 12, Puri Nusa Phala, sekitar pukul 01.00. Mobil berisi dua orang, yakni Air Setyawan dan Eko Joko S.
Ketika dikepung, keduanya sempat hendak berupaya melemparkan bom pipa. Polisi langsung mengeluarkan beberapa kali tembakan ke arah mobil, yang lalu menewaskan keduanya. Tim Indonesia Automatic Finger Print Identification System (Inafis) menyebutkan, pada tiap-tiap jasad ada bekas luka tembak tak lebih dari lima lubang.
Setelah penembakan itu, sekitar pukul 02.49 Kapolri tiba di Puri Nusa Phala, lalu disusul sejumlah pejabat Polri lainnya. Polisi kemudian berupaya menjinakkan bom jebakan di pintu masuk. Sementara kedua jasad dievakuasi dengan ambulans tepat pukul 04.00.
Kapolri menuturkan, rumah di Puri Nusa Phala itu sempat menjadi rumah persembunyian Noordin setelah peledakan di Hotel JW Marriott dan Ritz-Carlton. Hal itu berdasarkan keterangan Amir Abdillah. Di rumah itu juga sedang disiapkan rencana ledakan selanjutnya yang berkisar dua pekan lagi. Sasaran yang dituju adalah iring-iringan kendaraan Presiden Yudhoyono dari kediamannya di Cikeas, yang hanya sekitar 15 menit dari Puri Nusa Phala.
Modus peledakan itu direncanakan dengan bom mobil memakai mobil bak terbuka Mitsubishi Jet Star yang sudah digerinda nomor sasis dan nomor mesinnya. Calon pelaku bom bunuh diri yang akan mengendarai mobil itu adalah Ibrohim, penata bunga di Ritz-Carlton.
Hasil interogasi polisi terhadap Amir menyebutkan, penyerangan terhadap Presiden itu bertujuan memberikan pelajaran atas eksekusi mati terhadap rekan mereka, Amrozi, Mukhlas, dan Imam Samudra. Presiden juga dianggap memimpin negara sekuler ala Barat yang bertentangan dengan ideologi mereka.
Mantan Presiden Megawati Soekarnoputri juga pernah dua kali direncanakan untuk dibunuh pada tahun 2001. Berdasarkan pengakuan Umar Al-Faruq, salah satu anggota jaringan Al-Jamaah Al-Islamiyah, rencana pembunuhan kedua yang digalang Faruq gagal ketika bom meledak lebih dulu di Plaza Atrium Senen, Jakarta, 1 Agustus 2001. Saat peristiwa itu, Megawati tengah memimpin rapat DPP PDI-P di Jalan Pecenongan. Berdasarkan keterangan Amir, pada 30 April 2009 di Kuningan, Jawa Barat, Noordin memimpin rapat koordinasi pengeboman Hotel JW Marriott dan Ritz-Carlton.