Setelah kemudian terpilih dan menjabat sebagai Ketua KPK, Firli rupanya justru semakin menjadi. Pada 24 September 2020, ia kepergok melanggar kode etik dan pedoman perilaku karena menggunakan helikopter mewah untuk kepentingan pribadi.
Perilaku Firli tersebut melanggar peraturan Dewas Nomor 1/2020 tentang Kode Etik dan Pedoman Perilaku KPK, agar tidak menunjukkan gaya hidup hedonisme.
Firli kemudian dijatuhi sanksi teguran tertulis II yang berlaku selama enam bulan. Firli pun meminta maaf kepada masyarakat Indonesia.
Selanjutnya oleh Indonesia Corruption Watch (ICW) pada Senin, 26 Oktober 2020, Firli juga dilaporkan ke Dewas KPK atas dugaan pelanggaran kode etik dan pedoman perilaku terkait OTT di Universitas Negeri Jakarta (UNJ).
Pasalnya Firli saat itu menerbitkan surat perintah penyelidikan dan pelimpahan perkara tersebut ke pihak kepolisian, yang diduga tidak didahului dengan mekanisme gelar perkara di internal KPK.
Firli yang mengambil alih penanganan Inspektorat Jenderal Kemendikbud itu diduga atas inisiatif-nya sendiri tanpa melibatkan dan mendengar masukan dari pimpinan KPK lainnya.
Meskipun atas laporan ICW tersebut Dewas KPK memutuskan kalau tidak menemukan indikasi pelanggaran etik, namun tetap saja, hal tersebut turut menambah catatan buram Firly sebagai Ketua KPK.
Di internal KPK, Firli juga diduga pernah melakukan upaya untuk dapat ‘mengunci’ Wakil Ketua KPK Lili Pintauli Siregar. Diduga ini dilakukan agar ia dapat leluasa mengendalikan koleganya itu, terutama dalam pengambilan keputusan di internal pimpinan KPK.
Hal tersebut dilakukan pada 5 Mei 2021. Firli melalui staf pribadinya, Jeklin Sitinjak, menemui Kasatgas Penyidik untuk meminta berita acara pemeriksaan terkait kasus Wali Kota Tanjungbalai M Syahrial yang menyeret nama Lili Pintauli Siregar, namun permintaan Firli itu ditolak Kasatgas Penyidik.
Begitupula pada 9 Maret 2022, Firli dilaporkan karena diduga terlibat konflik kepentingan di balik pemberian penghargaan kepada istrinya, Ardina Safitri, yang membuat mars dan hymne KPK.
Sekalipun Dewas KPK kemudian menilai tidak ada pelanggaran kode etik yang dilakukan terkait pemberian penghargaan kepada istrinya itu, namun kesimpulan publik terlanjur menguat, itu tak elok.
Kontroversi Firli masih berlanjut. Ketika pada November 2022 lalu, Ia bertemu dengan Gubernur Lukas Enembe yang tengah berperkara di KPK.
Sekalipun kedatangan Firli di kediaman Lukas Enembe di Distrik Koya Tengah, Jayapura, Papua, tak melanggar kode etik karena dilakukan secara terbuka. Namun itu di luar kelaziman sebagai Ketua KPK.
Dugaan pelanggaran selanjutnya adalah ketika Firli memberhentikan dengan hormat Direktur Penyidikan KPK Brigjen Endar Priantoro. Ia beralasan bahwa masa penugasan Endar di KPK telah habis per 31 Maret 2023.
Padahal, Kapolri Jenderal Pol Listyo Sigit Prabowo telah mengirimkan surat kepada pimpinan KPK untuk memperpanjang penugasan Endar di KPK. Surat itu justru telah diteken pada 29 Maret 2023.