Kekritisan Ciujung memberi dampak banjir yang luas. Sungai ini tergolong paling luas di Provinsi Banten, sekitar 1.935 km
Di hilir, sungai bercabang
Penggunaan lahan di DAS Ciujung berdasarkan analisis citra Landsat tahun 2001 didominasi pertanian lahan kering (53,64 persen). Untuk mengatasi banjir direncanakan pembangunan waduk, cekdam, dan saluran irigasi. Waduk akan dibangun di Karian, Waduk Tanjung, Cilawang, dan Pasir Kopo.
Waduk Karian di hulu
Upaya pengendalian banjir dilakukan dengan membuat peta banjir yang disusun berdasarkan data historis spasial kerusakan banjir dan curah hujan pada wilayah sungai. Setelah itu ditetapkan peringkat prioritas penanganan banjir berdasarkan frekuensi (tingkat bahaya) banjir secara nasional. Prioritas pertama diberikan pada wilayah berpopulasi padat, memiliki areal pertanian, infrastruktur irigasi, serta ada kawasan industri dan lahan kritis yang luas di seluruh DAS. Dari data dilakukan pemodelan banjir dan diteliti zona penyimpan banjir. Ini terkait penyusunan rencana induk manajemen dan pengendalian banjir.