Kasus besar lain yang ditangani Munir adalah pembunuhan aktivis buruh Marsinah yang diduga tewas di tangan aparat keamanan pada 1994.
Ketika menjabat Dewan Kontras, namanya melambung karena membela orang-orang hilang yang diculik. Munir membela aktivis yang hilang karena penculikan yang disebut dilakukan oleh Tim Mawar dari Kopassus TNI AD.
Kasus kematian Munir merupakan satu dari sederet kasus pelanggaran HAM yang masih menjadi utang reformasi.
Baca juga: Konflik dan Pelanggaran HAM, Catatan Kelam 20 Tahun Reformasi
Dalam kasus ini, pengadilan telah menjatuhkan vonis 14 tahun penjara terhadap Pollycarpus Budihari Priyanto.
Pollycarpus adalah pilot Garuda yang saat itu sedang cuti tetapi ada di penerbangan yang sama dengan Munir. Dia divonis sebagai pelaku pembunuhan Munir.
Sejumlah fakta persidangan juga menyebut ada dugaan keterlibatan petinggi Badan Intelijen Negara (BIN) dalam kasus pembunuhan ini.
Namun, pada 13 Desember 2008, mantan Deputi V BIN Mayjen Purn Muchdi Purwoprandjono yang juga menjadi terdakwa dalam kasus ini divonis bebas dari segala dakwaan.
Belasan tahun berselang, istri almarhum Munir, Suciwati, dan para aktivis HAM lainnya tetap meminta pemerintah mengusut tuntas kasus tersebut dan mengungkap siapa yang menjadi dalang sebenarnya.
Pollycarpus—meninggal karena Covid-19 pada Sabtu (17/10/2020)—juga terus membantah sekaligus berubah-ubah suara soal keterlibatannya dalam kasus kematian Munir.
Dalam diskusi daring, Senin (6/9/2021), Komnas HAM menyebut bahwa kematian Munir belum dapat mereka nyatakan sebagai pelanggaran HAM berat. Ada sejumlah perbedaan sudut pandang.
Baca juga: Komnas HAM Surati Jokowi, Minta Penyelidikan Pihak yang Diduga Terlibat Pembunuhan Munir
Sebagian komisioner memandang kasus ini adalah perkara pelanggaran HAM berat dengan satu korban. Sebagian yang lain berpendapat bahwa kematian Munir merupakan serangan sistematis kepada pembela HAM.
Yang kemudian dilakukan Komnas HAM adalah menyurati Presiden Joko Widodo (Jokowi). Mereka meminta Jokowi memerintahkan Kapolri untuk mempercepat penyelidikan terhadap sejumlah orang yang dilakukan terlibat perkara ini.
Surat dari Komnas HAM tersebut sekaligus tindak lanjut atas respons mereka terhadap desakan Komite Aksi Solidaritas untuk Munir (Kasum).
Pada 7 September 2020, Kasum menyerahkan pendapat hukum (legal opinion) mereka atas kasus ini ke Komnas HAM.
Baca juga: Komnas HAM Belum Satu Suara soal Kasus Pembunuhan Munir
Salah satu desakan di dalamnya, Kasum meminta Komnas HAM menetapkan kasus kematian Munir sebagai pelanggaran HAM berat. Mereka pun menyebut orang-orang yang telah diproses hukum sejauh ini dalam perkara Munir barulah aktor lapangan.