Kedua kain itu pun aman, kendati Husein Mutahar ditahan dan ditawan di Semarang. Beberapa saat kemudian Husein Mutahar berhasil kabur melarikan diri dengan kapal laut dari Semarang menuju Jakarta.
Singkat cerita di Jakarta, Husein Mutahar menerima pesan rahasia dari Presiden Soekarno yang sedang ditahan di Muntok, Bangka. Isi pesan tersebut agar Husein Muatahar menyerahkan bendera pusaka tersebut kepada Presiden. Caranya dengan menitipkan kepada Soedjono sebagai perantaranya.
Oleh Husein Mutahar kemudian kain bendera pusaka dijahit kembali agar merah putih menyatu. Soedjono meminjamkan mesin jahit milik seorang istri dokter. Husein Mutahar kemudian menjahitnya persis di lubang bekas jahitan aslinya.
Akan tetapi, sekitar dua cm dari ujung bendera ada sedikit kesalahan jahit. Selanjutnya, bendera pusaka itu dibungkus dengan kertas koran dan diserahkan kepada Soedjono untuk diserahkan kepada Presiden Soekarno. Hal ini sesuai dengan perjanjian Presiden Soekarno dengan Husein Mutahar.
Sebagai penghargaan atas jasa Husein Mutahar menyelamatkan bendera pusaka, pada tahun 1961, ia dianugerahkan Bintang Maha Putera.
Baca juga: Bendera Pusaka Terpaksa Dirusak Pasca Bung Karno Ditawan
Pada tanggal 6 Juli 1949, Presiden Soekarno dan Wakil Presiden Mohammad Hatta beserta beberapa pemimpin RI yang diasingkan tiba di Yogyakarta. Bulan Agustus 1949 pada peringatan Proklamasi Kemerdekaan RI Keempat Bendera Pusaka kembali dikibarkan di Istana Gedung Agung.
Setelah penandatanganan pengakuan kedaulatan Indonesia pada 27 Desember 1949, Ibu Kota dikembalikan ke Jakarta. Presiden Soekarno pun ikut membawa Bendera Pusaka ke Jakarta.
Bendera pusaka disimpan di dalam sebuah peti berukir untuk diterbangkan dari Yogyakarta ke Jakarta dengan pesawat Garuda Indonesia Airways.
Menjelang peringatan HUT Proklamasi Kemerdekaan RI tahun 1968, Husein Mutahar dipanggil menghadap Presiden Soeharto ke Istana.
Karena bendera pusaka kondisinya sudah cukup tua maka Presiden Soeharto meminta pendapat Husein Mutahar, bagaimana caranya agar tidak robek pada saat dikibarkan atau apakah sebaiknya harus diganti.
Husein Mutahar saat itu menyarankan agar bendera pusaka tetap dikibarkan sekali lagi pada tahun itu sebagai simbol estafet kepemimpinan dari Presiden Soekanro kepada Presiden Soeharto. Juga sebagai ungkapan penghargaan dan terima kasih kepada para pejuang kemerdekaan.