Dalam tuntutannya, MAR meminta Soeharto segera mengundurkan diri di tengah kekacauan politik dan keamanan yang telah terjadi.
Sepekan berselang setelah MAR dibentuk, Soeharto pada 21 Mei 1998 akhirnya resmi mengundurkan diri.
Baca juga: Kisah-kisah Pilu dalam Kerusuhan Mei 1998
Usai Soeharto lengser, Amien lalu mendirikan Partai Amanat Nasional (PAN) yang dideklarasikan pada 23 Agustus 1998. Amien langsung didapuk sebagai ketua umum ketika PAN dideklarasikan.
Di Pemilu 1999, PAN meraih 7,1 persen suara dengan jumlah kursi sebanya 34. Amien pun menduduki jabatan Ketua MPR. Adapun Gus Dur menjabat sebagai Presiden dan Megawati Soekarnoputri sebagai Wakil Presiden.
Namun Amien yang waktu itu memberikan dukungan kepada Gus Dur sebagai Presiden RI yang dipilih MPR justru ikut melengserkan cucu pendiri NU itu.
Gus Dur pun lengser atas desakan seluruh elite politik termasuk Amien. Gus Dur lengser pada 2001 dan Megawati yang menggantikannya sebagai presiden.
Pada 2004, Amien mencalonkan diri sebagai presiden namun kalah pada putaran pertama. Pemilu Presiden saat itu dimenangkan oleh Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) dan Jusuf Kalla.
Nama Amien sempat meredup dari panggung politik usai kalah dalam pencapresan di Pemilu 2004. Namun Amien kembali mendapat panggung pada Pemilu 2014.
Mantan Ketua MPR itu bergabung ke dalam gerbong Koalisi Merah Putih yang mendukung pencalonan Prabowo Subianto sebagai presiden.
Dukungan yang diberikan Amien kepada Prabowo dipertanyakan publik lantaran Amien merupakan tokoh reformasi yang saat itu bersebrangan dengan rezim Orde Baru.
Adapun saat itu Prabowo yang masih menjabat Panglima Kostrad yang merupakan bagian dari rezim Orde Baru.
Meskipun Prabowo kalah dari Joko Widodo dalam Pilpres 2014, kedekatan Amien dan mantan Danjen Kopassus itu tak renggang.
Baca juga: 5 Fakta Partai Ummat yang Didirikan Amien Rais, dari Logo hingga Susunan Pengurus
Di Pemilu 2019, Amien kembali mendukung Prabowo sebagai capres yang bekontestasi kembali dengan Jokowi.
Prabowo pun harus menelan kekalahan kedua kalinya. Kendati demikian Prabowo dan Gerindra memutuskan untuk masuk ke dalam kabinet Jokowi sehingga menjadikannya sebagai Menteri Pertahanan.
Prabowo dan Gerindra pun tak lagi bersama PAN dan Amien yang dulu merupakan sekutunya di luar pemerintahan.