Di tengah kesibukannya di The Habibie Center, Muladi mengikuti seleksi dan uji kelayakan dan kepatutan di DPR sebagai calon hakim agung pada 2001.
Ia pun berhasil lolos uji kelayakan dan kepatutan tersebut. Namun, Muladi memutuskan mundur dari hakim agung dikarenakan dirinya tak terpilih sebagai Ketua Mahkamah Agung.
Pada awal tahun 2005, Muladi kembali terjun ke ranah politik dengan mendukung Jusuf Kalla di kontestasi Pemilihan Umum. Ketika itu, ia menjabat sebagai Ketua DPP Partai Golkar.
Pada tahun yang sama, ia ditunjuk Presiden RI Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) menjadi Gubernur Lemhanas pada 30 Agustus 2005.
Ketika itu, ia diberi kesempatan tiga hingga enam bulan untuk melakukan perubahan awal di tubuh Lemhanas.
Simak breaking news dan berita pilihan kami langsung di ponselmu. Pilih saluran andalanmu akses berita Kompas.com WhatsApp Channel : https://www.whatsapp.com/channel/0029VaFPbedBPzjZrk13HO3D. Pastikan kamu sudah install aplikasi WhatsApp ya.