Setelah pelatihan militer di Aceh gagal, seorang pimpinan Jemaah Islamiyah (JI) Abu Tholut yang dikenal pernah dekat dengan Ba’asyir, datang ke Poso dan bertemu Yasin serta Santoso.
Abu Tholut kemudian menjelaskan rencana menjadikan Poso sebagai markas Negara Islam.
Abu Tholut juga mengusulkan berdirinya JAT Poso, sebagai cikal bakal wadah kelompok yang memperjuangkan Negara Islam di sana.
Santoso kemudian diangkat menjadi penanggung jawab pelatihan militer di JAT Poso. Ketika itu JAT Poso dipimpin oleh Yasin.
Baca juga: 22 Prajurit TNI Tiba di Poso untuk Bantu Pencarian Ali Kalora dkk
Santoso kemudian merealisasikan proyek tersebut dengan merekrut peserta untuk mengikui pelatihan militer.
Pada 2010, Santoso dan rekan-rekannya berhasil mengumpulkan senjata dan menemukan tempat pelatihan militer di Gunung Mauro, Tambarana, Poso, serta di daerah Gunung Biru, Tamanjeka, Poso, Sulawesi Tengah.
Gerakan MIT mendapatkan dukungan dari kelompok terduga teroris lain yang terhubung dalam jaringan mereka.
Di antaranya dari kelompok Mujahidin Indonesia Barat (MIB) pimpinan Abu Roban, sebuah sel yang berperan untuk mendapatkan dana melalui perampokan di berbagai daerah di Jawa Tengah, Jawa Barat, dan Jakarta. Pada 2012, Santoso lalu diangkat menjadi pemimpin MIT.
Baca juga: Polri: Anak Kandung Santoso Bergabung dengan Ali Kalora Cs
Beberapa aksi terror MIT yang terkenal yakni saat mereka membunuh dua orang polisi yakni Briptu Andi Sapa dan Brigadir Sudirman pada 16 Oktober 2012. keduanya ditemukan tewas di Dusun Tamanjeka, Desa Masani.
Kemudian pada 20 Desember 2012 MKIT juga menyerang tiga anggota Brimob. Mereka tewas setelah ditembak dari belakang saat patroli di desa Kalora, Poso Pesisir Utara. Mereka bertiga ialah Briptu Ruslan, Briptu Winarto, dan Briptu Wayan Putu Ariawan.
Pada awal tahun 2015, kelompok MIT juga membunuh tiga warga di Desa Tangkura. Mereka semua tewas dalam kondisi yang mengenaskan.
Adapun pada 2016 polisi bersama TNI menjalankan operasi gabungan yang bernama Operasi Tinombala. Operasi gabungan tersebut bertujuan untuk menangkap MIT yang dipimpin oleh Santoso.
Operasi Tinombala membuahkan hasil pada 18 Juli 2016. Saat itu TNI dan Polri terlibat baku tembak dengan dua orang.
Baku tembak yang terjadi bermula saat sembilan orang prajurit Satgas Tinombala melaksanakan patroli di pegunungan Desa Tambarana. Mereka menemukan sebuah gubuk dan melihat beberapa orang tidak dikenal sedang mengambil sayur dan ubi untuk menutup jejak.
Mereka juga menemukan jejak di sungai dan terlihat tiga orang di sebelah sungai namun langsung menghilang. Tim satgas ini kemudian berupaya mendekati orang-orang tak dikenal itu dengan senyap.
Baca juga: Santoso Tewas Ditembak, 19 DPO