Pasca-jatuhnya Soeharto, setiap rezim pemerintahan memiliki cara yang berbeda-beda dalam menyikapi isu kebangkitan PKI.
Pada masa Presiden RI ketiga itu, film tersebut tak lagi diputar. Menteri Penerangan Muhammad Yunus saat itu menyatakan, film yang bernuansa pengkultusan tokoh seperti G30S/PKI, Janur Kuning, dan Serangan Fajar tidak lagi sesuai degan dinamika reformasi.
"Karena itu, tanggal 30 September mendatang TVRI dan TV swasta tidak akan menayangkan lagi film Pengkhianatan G30S/PKI," kata Yunus saat rapat kerja dengan Komisi I DPR pada 23 September 1988, seperti diberitakan Harian Kompas.
Baca juga: Andre Vltchek, Jurnalis dan Sutradara Film Dokumenter Bertema G30S/PKI Wafat di Turki
Sebagai gantinya, Departemen Penerangan bekerjasama dengan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan menyiapkan film dokumenter lain berjudul Bukan Sekedar Kenangan.
Abdurrahman Wahid
Pada tahun 2000, Presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur) mengusulkan pencabutan Tap MPRS XXV/1966 tentang pelarangan penyebaran ajaran Marxisme/Leninisme.
Tak hanya itu, ia juga membuka ruang bila ada pihak yang ingin mengusut adanya dugaan pelanggaran hak asasi manusia (HAM) di dalamnya.
Pasca-peristiwa 1965, banyak terjadi penculikan dan pembunuhan terhadap orang-orang yang diduga terkait atau memiliki afiliasi dengan PKI.
Menurut Gus Dur, tidak semua orang yang dituduh komunis bersalah dan layak dihukum mati.
"Buktikan dong secara pengadilan, nggak begitu saja terjadi. Dan, maaf ya, hal semacam itu terjadi, justru banyak pembunuhan dilakukan oleh anggota NU. Padahal saya Ketua NU, untungnya setelah itu (setelah peristiwa G30S terjadi). Saya nggak pernah nutup-nutupi, memang begitu kok," kata Gus Dur seperti dilansir dari pemberitaan Kompas pada 14 Maret 2000.
Baca juga: Sejarah Film Pengkhianatan G30S/PKI dan Alasannya Dihentikan Tayang di TV
Namun, berbagai penolakan pun terjadi. Salah satunya berasal dari anggota Fraksi Partai Bulan Bintang, Hartono Mardjono, Ketua MPR Amien Rais, hingga Ketua Umum PBNU Hasyim Muzadi.
Hartono mengancam akan meminta MPR menggelar sidang istimewa bila rencana tersebut benar-benar direalisasikan. Sedangkan, Amien Rais menegaskan, tidak setuju dengan usulan pencabutan Tap tersebut.
"Bila Tap itu dicabut, maka PKI akan bangkit kembali dan simbol palu arit akan muncul di mana-mana," kata Amien seperti dikutip dari Antara 30 Maret 2000.