Awal Februari 2000, kasus pidana itu mulai bergulir ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.
Meski sebelumnya Kejaksaan Agung sempat menahan Djoko pada 14 Januari-10 Februari 2000, Djoko akhirnya kembali menyandang status tahanan kota pada 10 Februari berkat ketetapan Wakil Ketua PN Jakarta Selatan.
Pada 6 Maret, putusan sela PN Jakarta Selatan menyatakan dakwaan jaksa terhadap Djoko tidak dapat diterima. Ia pun dilepaskan dari tahanan kota.
Mantan Jaksa Agung Muda Pidana Khusus Kemas Yahya Rahman pernah menyebut Djoko Tjandra dengan nama "Joker".
Baca juga: Jaksa Agung Dapat Laporan Djoko Tjandra ke PN Jaksel 8 Juni 2020
Sebutan Joker ini muncul dalam percakapan antara Kemas Yahya Rahman dengan Artalyta Suryani, yang kemudian menjadi terpidana kasus suap jaksa terkait kasus BLBI.
Kemas sendiri dianggap tak terlibat dalam kasus itu, meski sempat diperiksa internal Kejaksaan Agung dan KPK. Dalam pemeriksaan dan sidang terungkap bahwa nama "Joker" dalam percakapan itu adalah Djoko S Tjandra.
Jaksa pun mengajukan banding ke Pengadilan Tinggi DKI Jakarta. Dalam rentang April-Agustus 2000, jaksa penuntut umum (JPU) Antasari Azhar mengajukan dakwaan berupa dugaan telah melakukan perbuatan tindak pidana korupsi dalam kasus Bank Bali.
Ia pun dituntut hukuman penjara 1 tahun 6 bulan. Namun majelis hakim yang diketuai Soedarto dan Muchtar Ritonga serta Sultan Mangun sebagai anggota itu justru melepaskan Djoko Tjandra dari segala tuntutan.
Dalam putusannya, majelis menyatakan dakwaan JPU terbukti secara hukum. Namun, perbuatan itu dinilai bukan sebagai perbuatan pidana, melainkan perdata.
Baca juga: Kejagung Sebut Djoko Tjandra Dilindungi Papua Niugini
Vonis 2 tahun
Antasari pun mengajukan kasasi ke MA. Namun, majelis hakim agung MA kembali melepaskan Djoko Tjandra dari segala tuntutan.
Putusan itu diambil dengan mekanisme voting karena adanya perbedaan pendapat antara hakim Sunu Wahadi dan M Said Harahap, dengan hakim Artidjo Alkostar.
Belakanganya, pada Oktober 2008, Kejagung mengajukan peninjauan kembali (PK) ke MA.
Majelis PK yang diketuai Djoko Sarwoko dengan anggota I Made Tara, Komariah E Sapardjaja, Mansyur Kertayasa dan Artidjo Alkostar menerima PK yang diajukan jaksa.
Selain menjatuhkan vonis 2 tahun penjara atau lebih berat dari tuntutan jaksa di tingkat banding, uang milik Djoko di Bank Bali sebesar Rp 546 miliar dirampas untuk negara.