Sementara di saat yang sama, Dinas Kebersihan DKI mengeksekusi normalisasi dengan cara menjaga kebersihan sungai sehingga sungai dapat difungsikan sebagai air baku.
Akan tetapi, sejak 2017 program kerja sama ini terhent lantaran tak lagi dibebaskannya lahan di sepanjang daerah aliran sungai yang akan dinormalisasi oleh Pemprov DKI Jakarta.
Hal itu disebabkan bergantinya program normalisasi menjadi naturalisasi sungai yang digagas Gubernur DKI Jakarta, Anies Baswedan.
Baca juga: Naturalisasi Sungai ala Anies, Mungkinkah Dilakukan?
Menurut Presiden Joko Widodo, sedianya ada empat sungai yang tengah menjalani program normalisasi. Selain Sungai Ciliwung, tiga sungai lainnya yaitu Sungai Krukut, Sungai Cakung, dan Sungai Sunter.
"Pembangunan prasarana pengendalian banjir pada keempat sungai terkendala sejak tahun 2017 karena masalah pembebasan lahan," kata Presiden Joko Widodo melalui akun Instagram resminya, Kamis (2/1/2020).
Baca juga: Jokowi: Upaya Pengendalian Banjir Jakarta Terhambat Sejak 2017
Ketika banjir melanda sejumlah wilayah DKI Jakarta sekitar Maret-April 2019 lalu, Basuki Hadimuljono dan Anies Baswedan sempat berdebat mengenai persoalan pengendalian banjir di ibu kota.
Awalnya, Anies mengklaim telah berdiskusi dengan Basuki soal program naturalisasi sungai yang digagasnya. Namun, ia tak merinci apa saja hal-hal yang dibahas dalam setiap pertemuannya.
"Pokoknya dengan Pak Basuki tim sudah ngobrol. Sudah diskusi cuma sering dipercik-percikan di publik. Sudahlah jangan (dibesar-besarkan)," ujar Anies di Jakarta Pusat, pada 21 Maret 2019.
Baca juga: Soal Naturalisasi Sungai, Anies Sudah Diskusi dengan Menteri Basuki