Berdasarkan arsip Harian Kompas pada 1 April 1981, operasi itu sudah disiapkan dengan matang di Jakarta sejak peristiwa pembajakan itu terjadi.
Operasi berjalan saat Pemerintah Thailand mengizinkan pasukan komando Indonesia bergerak.
Melalui pengamatan wartawan Kompas di lokasi pada saat itu, tanda operasi pembebasan belum terlihat pada Senin (30/3/1981) malam.
Suasana di sekitar pesawat masih cenderung sepi. Senin malam, pukul 21.00 waktu setempat, sebuah mobil katering mendekat seusai mendapat kode lampu dari pesawat.
Kode itu merupakan sinyal dari pembajak agar permintaan mereka menyangkut makanan, minuman, bahan bakar dan kebutuhan lainnya bisa dipenuhi.
Saat mobil katering mengantar makanan, suasana di sekitar pesawat menjadi sunyi lagi.
Baca juga: Operasi Pembebasan Pesawat Woyla yang Dibajak, 3 Menit yang Menegangkan
Pada Selasa, sekitar pukul 02.30 waktu setempat, ada gerakan di semak-semak sekitar 400 meter dari pesawat.
Ternyata, mereka adalah Para Komando dari Komando Pasukan Sandi Yudha (Koppasandha, sekarang bernama Komandi Pasukan Khusus), pimpinan Letkol Infanteri Sintong Panjaitan.
Pasukan itu bergerak mengendap dan teratur dalam formasi dua baris mendekati pesawat. Mereka tampak membawa tiga tangga. Dua tangga dilekatkan di masing-masing sayap, satu tangga di bagian belakang pesawat.
Dengan sekejap, mereka bergerak masuk ke pesawat dari pintu darurat dekat sayap dan bagian belakang di bawah badan pesawat.
"Tiba-tiba terdengarlah tembakan-tembakan, mungkin dalam waktu dua detik," kata Henk Siesen, warga negara Belanda di dalam pesawat, dikutip dari Harian Kompas.
"Komando itu berteriak: 'Semua penumpang tiarap'. Dan berjatuhanlah sosok-sosok tubuh campur baru berusaha untuk tiarap ke lantai," tutur Henk.
Baca juga: Dari RPKAD ke Kopassus, Ini Perjalanan Pasukan Baret Merah TNI AD
Penumpang yang tiarap berusaha dikeluarkan satu per satu lewat pintu depan.
Akan tetapi, upaya penyelamatan itu tak mudah. Ada seorang pembajak yang ikut tiarap bersama para penumpang. Ia membawa granat dan kemudian ia lempar setelah pinnya ditarik.
Beruntung, gramat itu tidak meledak dan diamankan pasukan komando. Pembajak yang melempar granat itu pun ditembak mati saat berusaha melarikan diri lewat pintu depan.
Ada pula seorang pembajak yang disebut bernama Fahrizal, yang melepas tembakan ke arah pasukan komando. Namun, ia berhasil didesak oleh pasukan komando. Pada akhirnya, pembajak tersebut bunuh diri dengan menembak keningnya.
Dua pembajak lainnya juga berupaya kabur, namun mereka ditembak mati.