Setelah kegagalan Konstituante, dengan dikeluarkannya Dekrit Presiden 5 Juli 1959, Indonesia kembali ke UUD 1945.
Polri masih berada di bawah Menteri Pertama hingga keluarnya Keppres Nomor 153 tahun 1959, tertanggal 10 Juli 1959, di mana Kapolri diberi kedudukan Menteri Negara ex-officio.
Pada 13 Juli 1959, dengan Keppres Nomor 154 tahun 1959 Kapolri juga menjabat sebagai Menteri Muda Kepolisian dan Menteri Muda Veteran.
Pada 26 Agustus 1959, sebutan Kepala Kepolisian Negara diubah menjadi Menteri Muda Kepolisian yang memimpin Departemen Kepolisian, menggantikan Djawatan Kepolisian Negara yang ditetapkan melalui Surat Edaran Menteri Pertama Nomor 1/MP/RI 1959.
Penolakan Pembentukan ABRI
R.S Soekanto menyatakan keberatan saat Presiden Soekarno akan membentuk ABRI yang terdiri dari Angkatan Perang dan Angkatan Kepolisian.
Keberatan tersebut berasalan demi tetap menjaga profesionalisme kepolisian.
Pada 15 Desember 1959, berakhirlah karir R.S Soekanto yang mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Kapolri/Menteri Muda Kepolisian dengan pangkat terakhirnya sebagai Komisaris Jenderal Polisi atau Letnan Jenderal.
ABRI terbentuk melalui Tap MPRS No. II dan III tahun 1960, di mana ABRI terdiri atas Angkatan Perang dan Polisi Negara.
Berdasarkan Keppres No. 21/1960 sebutan Menteri Muda Kepolisian ditiadakan dan selanjutnya disebut Menteri Kepolisian Negara bersama Angkatan Perang lainnya dan dimasukkan dalam bidang keamanan nasional.
Mendirikan Akademi Polisi
R.S Soekanto bersama dengan Prof Djoko Sutono SH, Prof Supomo, dan Sultan Hamengkubuwono IX, mendirikan Akademi Polisi di Mertoyudan, hingga akhirnya menjadi Perguruan Tinggi Ilmu Kepolisian (PTIK) di Jakarta.
Ide pendiriannya bertujuan untuk mencetak polisi yang pandai, modern, dan tanggap pada kemajuan zaman.
Tak hanya itu, R.S Soekanto juga memperkasai pembentukan Brigade Mobil (Brimob), pasukan khusus Polri dan mendirikan pusat pendidikan Brimob di Porong, serta Satuan Polisi Perairan dan Udara.
Jatuhnya pesawat RRC, Kashmir Princess di Natuna, masa Afro-Asia menjadi salah satu kasus besar yang pernah diungkap.