Sikap berani dan sigapnya dalam menentang ketidakadilan oleh beberapa pihak pada masa pemerintahan Orde Baru, membuat Munir tak disukai oleh pemerintah.
Dirinya menjadi sasaran dan lingkaran merah dari pihak intelijen karena dianggap berbahaya. Munir juga sering mendapat banyak ancaman dari beberapa orang.
Namun dirinya tetap tidak gentar terhadap ancaman yang menimpa dirinya tersebut.
Baca juga: Peringati Munir, Komnas HAM Ingin 7 September sebagai Hari Perlindungan Pembela HAM
Kecintaan Munir terhadap ilmu hukum menjadikan dirinya untuk mengasah minatnya lebih dalam. Munir pun berencana melanjutkan pendidikannya ke Amsterdam, Belanda.
Penerbangan GA-974 yang menjadi wahana Munir berangkat ke Belanda, lepas landas dari Jakarta pada Senin, 6 September 2004 malam pukul 21.55 WIB.
Pesawat transit di Bandara Changi, Singapura, kemudian melanjutkan perjalanan menuju Negeri Kincir Angin. Dalam perjalanan menuju Amsterdam, tiba-tiba Munir merasa sakit perut, setelah sebelumnya minum jus jeruk.
Munir sempat mendapat pertolongan dari seorang dokter yang berada dalam pesawat. Dia kemudian dipindahkan ke sebelah bangku dokter dan mendapat perawatan.
Munir dinyatakan telah meninggal empat puluh ribu kaki di atas tanah Rumania.
Dilansir dari Harian Kompas yang terbit 8 September 2004, Munir sempat diduga sakit sebelum mengembuskan napas terakhirnya sekitar pukul 08.10 waktu setempat, dua jam sebelum mendarat di Bandara Schiphol, Amsterdam.
Baca juga: Aksi Kamisan ke-552 dan 14 Tahun Meninggalnya Munir...
Munir itu sempat terlihat seperti orang sakit setelah beberapa kali ke toilet, setelah pesawat lepas landas dari transitnya di Bandara Changi, Singapura.
Saat pesawat GA 974 mendarat, penumpang tak dibolehkan turun, sesuai prosedur otoritas bandara saat ada penumpang meninggal di dalam pesawat.
Setelah menjalani pemeriksaan selama 20 menit, baru penumpang dibolehkan turun. Jenazah Cak Munir pun diturunkan dan dalam pengurusan otoritas bandara. Proses otopsi dilakukan untuk mencari tahu penyebab tewasnya penerima berbagai penghargaan terkait HAM di Indonesia.
Pada 12 September 2004, jenazah dimakamkan di kota kelahirannya, Batu, Malang. Meski demikian, hasil otopsi kemudian menyatakan bahwa Munir tewas akibat diracun. Makamnya pun dibongkar, jenazahnya diotopsi.
Hingga saat ini memang kasus kematian Munir belum menemui titik terang. Pengadilan memang telah menjatuhkan vonis 14 tahun terhadap Pollycarpus Budihari Priyanto yang disebut sebagai pelaku pembunuhan.
Pengadilan juga memvonis Direktur Utama PT Garuda Indonesia saat itu, Indra Setiawan, dengan hukuman 1 tahun penjara. Dia dianggap terlibat dalam kasus yang dianggap banyak orang belum mengadili dalang pembunuhan.