Pada Musyawarah Nasional NU 1984, Gus Dur terpilih sebagai Ketua PBNU.
Ia menerima jabatan ini dengan syarat mendapat wewenang penuh untuk memilih pengurus yang akan bekerja di bawahnya.
Terpilihnya Gus Dur sebagai Ketua PBNU disambut positif oleh Soeharto.
Memimpin Indonesia
Setelah Soeharto mundur dari jabatannya sebagai presiden, iklim politik Indonesia berubah.
Di bawah kepemimpinan Habibie, kebebasan berpolitik lebih luas.
Partai-partai politik mulai bermunculan.
Baca juga: INFOGRAFIK Serial Presiden: Soeharto
Pada Juli 1998, Gus Dur menyetujui usulan dari para kader NU untuk membentuk Partai Kebangkitan Bangsa (PKB).
Pada Juni 1999, PKB ambil bagian dalam pemilu legislatif dengan raihan suara 12 persen.
Namun, perolehan suara PKB kurang bisa memberikan pengaruh bagi pencalonan presiden.
Pada 7 Oktober 1999, Amien Rais dan Poros Tengah resmi mencalonkan Gus Dur sebagai calon presiden.
Pada 19 Oktober 1999, MPR menolak pidato pertanggungjawaban Habibie.
Pada 20 Oktober 1999, Gus Dur terpilih sebagai presiden. Sementara, Megawati sebagai wakil presiden.
Pemerintahan Gus Dur-Mega membentuk Kabinet Persatuan Nasional, dengan koalisi PDI-P, PKB, Golkar, PPP, PAN, dan Partai Keadilan (PK).
Baca juga: INFOGRAFIK Serial Presiden: Soekarno
Sejumlah kebijakan baru digagas Gus Dur di awal pemerintahannya, di antaranya pembubaran Departemen Penerangan dan Departemen Sosial.