Dalam berbagai diskursus, hampir semua menihilkan persoalan HAM yang selama ini terjadi, khususnya bagi pemilik wilayah adat Amungsa sebagai lokasi konsesi pertambangan. Secara khusus, problem HAM yang terjadi dapat diklasifikasikan dalam empat kategori sebagai berikut.
Pertama, klaim atas kepemilikan wilayah adat. Dasar masuknya perusahaan melakukan pertambangan adalah KK dengan pemerintah Indonesia pada 7 April 1967. Masyarakat adat, khususnya Suku Amungme, menilai kehadiran perusahaan tanpa melibatkan mereka.
Klaim tersebut sangat dipahami sebab pelibatan baru pada 1974 ketika konsep Januari Agrement dilakukan yang menekankan aspek pemberdayaan masyarakat dan "membolehkan" perusahaan meneruskan kegiatan penambangan.
Hal itu bukan berarti menjadi dasar penguasaan wilayah adat masyarakat secara sepihak.
Demikian halnya, pemberian dana perwalian kepada beberapa yayasan yang menaungi masyarakat adat, belumlah cukup mempersentasikan komitmen pengakuan terhadap hak ulayat mereka.
Situasi inilah yang sekarang menjadi salah satu dasar penuntutan masyarakat adat Suku Amungme untuk memperoleh saham secara cuma-cuma dalam proses divestasi.
Hal itu tentu harus dimaknai sebagai bagian dari implementasi konstitusi, khususnya Pasal 33 ayat (2) jo Pasal 28I ayat (3) yang menegaskan bahwa sumber daya alam dipergunakan sebesesar-besarnya untuk kemakmuran rakyat dan adanya pengakuan terhadap hak ulayat masyarakat adat.
Kedua, praktik kekerasan dan bisnis keamanan. Kehadiran perusahaan secara umum selalu mendapatkan perlindungan dari aparat keamanan (sebelum pemisahan Polri dan TNI pada 2000) dilakukan oleh Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI). Bahkan, pada 2011 media massa mengulas mengenai alokasi dana pengamanan sebesar 14 juta dollar AS kepada aparat keamanan di Papua.