Steering Committee memutuskan untuk menggunakan perhitungan yang ada di papan, dan meminta perhitungan yang ada di komputer dikurangi satu angka. Kali ini giliran pendukung Hatta yang mengajukan protes. Akhirnya, kericuhan pun tak dapat dihindari.
Pendukung Zulkifli dan pendukung Hatta saling tunjuk dan saling berteriak satu sama lain. Beberapa dari mereka ada yang meninggalkan tempat duduknya dan saling menghampiri lawannya. Untungnya, tak sampai terjadi bentrok fisik antar pendukung.
Akhirnya, panitia pun mengambil solusi dengan menghitung ulang suara dari nol. Penghitungan dengan komputer tak lagi digunakan. Dalam pemilihan ini, hadir 569 pemilik suara sah, dari jumlah total 584 suara. Seharusnya, ada 593 suara sah yang dapat memilih dalam kongres ini. Namun satu suara meninggal dunia dan delapan lainnya dinyatakan tidak sah dan tidak terdaftar dalam kongres.
Pemilih dalam kongres ini yakni Ketua dan Sekretaris Dewan Pimpinan Wilayah PAN (tingkat Provinsi), Ketua Dewan Pimpinan Daerah (tingkat kabupaten/kota), ketua dan sekretaris Majelis Pertimbangan PAN, ketua umum, sekjen, bendahara umum, serta ketua 6 organisasi otonom. Pemungutan suara dilakukan secara tertutup dengan menggunakan bilik.
Pemilih juga dilarang membawa handphone atau kamera ke bilik untuk menghindari transaksi jual beli suara.