Oleh karena itu, kata dia, masih diperlukan monitoring dan evaluasi kepada Provinsi Papua dan Papua Barat melalui pejabat setingkat Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD). Penataan birokrasi juga, lanjut Tjahjo, masih harus berjalan dalam proses yang harus terus menerus ditingkatkan kapasitas dan profesionalismenya. "Tahun 2013-2014 menunjukkan proses peningkatan," imbuh Politisi PDI-P ini.
Tjahjo mengatakan, evaluasi Otonomi Khusus Papua dan Papua Barat tiap tahun penting untuk mengukur tingkat capaian kemajuan kebijakan otonomi khusus Papua.Pembangunan di Papua, kata dia, harus mampu menurunkan tidak hanya kesenjangan sosial, namun juga mengakomodasi nilai-nilai kearifan lokal dan mampu mengurai akar masalah yang ada . Sepanjang tidak diatur secara khusus dalam UU 21/2001, lanjut Tjahjo, maka Pememerintah Pusat harus memberikan dukungan terkait pengambilan kebijakan, serta membangun efektifas pemda dan DPRD/DPRPB dan MRP/MRPB.
"Agar semakin ada harmonisasi kewenangan dan tata hubungan antar lembaga untuk kedepan bersama mampu menggerakkan mengorganisir masyarakat secara terbuka membangun wilayah atau daerahnya," ucap Tjahjo.
Di sisi lain, lanjut dia, dilema dalam tata hubungan pusat-daerah dapat dilihat dari banyaknya kebijakan sektoral yang ditetapkan pemerintah pusat yang kurang tepat dengan kebutuhan sektoral di Papua dan Papua Barat.
"Kebutuhan programatik yang tepat yang harus jadi skala prioritas bersama, kalau tidak akan terus ada kecurigaan terselubung dalam pembangunan semesta berencana, khususnya di NKRI termasuk di dalamnya Papua," ucap dia.