Garuda dalam sorotan
Tidak lama setelah hasil autopsi keluar, pengusutan terhadap kasus pembunuhan Munir pun dilakukan. Dalam perjalanannya, kemudian muncul nama pilot Garuda Indonesia, Pollycarpus Budihari Priyanto, sebagai orang yang dianggap sebagai pelaku pembunuh Munir.
Pengadilan sudah menjatuhkan vonis 14 tahun penjara terhadap Pollycarpus, yang saat peristiwa itu terjadi disebut sedang cuti.
Namun, sejumlah fakta yang terungkap memperlihatkan sejumlah kejanggalan yang belum terungkap, termasuk yang diperlihatkan dalam film dokumenter Garuda's Deadly Upgrade (2005) yang diproduksi jurnalis Australia David O'Shea dan jurnalis Indonesia Lexy Rambadeta.
Salah satu kejanggalan, dalam film itu, diperlihatkan dengan adanya surat tugas Nomor GA/DZ-2270/04 pada 11 Agustus 2004. Surat itu menjadi bekal Pollycarpus untuk ikut dalam penerbangan GA-974 sebagai staf Aviation Security.
Adapun, surat tugas untuk Pollycarpus itu diketahui ditandatangani oleh Direktur Utama Garuda Indonesia saat itu, Indra Setiawan. Akibat surat tersebut, Indra pun terseret kasus pembunuhan Munir.
Indra Setiawan kemudian menjalani proses hukum hingga divonis satu tahun penjara oleh majelis hakim di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat pada 11 Februari 2008. Dia dianggap terlibat dalam kasus yang dianggap banyak orang belum mengadili dalang pembunuhan.
Akan tetapi, Indra Setiawan membantah terlibat dalam konspirasi pembunuhan Munir, yang juga diduga melibatkan Badan Intelijen Negara (BIN). Surat tugas untuk Pollycarpus selama ini diduga dibuat Indra setelah menerima surat resmi dari BIN.
Dikutip dari dokumen Harian Kompas pada 2 Februari 2008, dalam pleidoinya, Indra mengaku tidak tahu apakah surat BIN yang diterimanya pada Juni atau Juli 2004 itu bagian dari rencana pembunuhan atau bukan.
Dia hanya memahami bahwa surat tersebut merupakan surat resmi dari lembaga negara yang salah satunya bertugas mencegah ancaman teror.
Lagi pula, ujar Indra, memenuhi permintaan BIN menempatkan Pollycarpus tidak bertentangan dengan hukum dan prosedur yang berlaku di PT Garuda. Pollycarpus selaku penerbang senior sudah layak diperbantukan di Bagian Corporate Security.
Menurut Indra, adanya surat tugas dari direktur utama tidak lantas membuat Pollycarpus bisa berlaku seenaknya.
"Jadi, di dalam surat tersebut kekuasaan Polly juga dibatasi," ujar Indra.
Ia menambahkan, "Kalau ada yang dilanggar, itu adalah salah Polly, bukan yang membuat surat."
(Baca juga: "Kasus Munir Bukan Semata Kepentingan Kontras, LBH, atau Keluarga")