Penerbangan GA-974 itu berangkat dari Jakarta pada Senin, 6 September 2004 malam, yaitu pukul 21.55 WIB. Pesawat tiba sekitar pukul 00.40 waktu setempat, kemudian melanjutkan perjalanan ke Amsterdam pukul 01.50.
Tiga jam setelah meninggalkan Bandara Changi, pramugara senior bernama Najib melapor kepada pilot Pantun Matondang bahwa Munir yang merupakan penumpang di kursi nomor 40G sakit setelah beberapa kali ke toilet.
Munir sempat mendapat pertolongan dari seorang dokter yang duduk di kursi nomor 1J. Pria kelahiran Batu, Malang, itu kemudian dipindahkan ke sebelah bangku dokter itu.
"Menurut laporan, keadaan Pak Munir masih tenang, tapi dua jam menjelang pesawat mendarat di Schiphol, Pak Munir meninggal," kata Kepala Komunikasi Perusahaan PT Garuda Indonesia saat itu, Pujobroto, seperti dilansir dari Harian Kompas.
Pesawat kemudian tiba di Bandara Schiphol sekitar pukul 10.00 waktu setempat. Karena ada peristiwa kematian penumpang, 10 petugas polisi militer kemudian masuk ke pesawat. Untuk sementara, penumpang tidak diperbolehkan turun.
Petugas keamanan pun sempat menanyai pilot Pantun Matondang, pramugari dan sejumlah penumpang yang duduk di dekat kursi Munir. Setelah 20 menit, penumpang pun dipersilakan turun.
Jenazah Munir kemudian juga dibawa turun, namun tetap dalam penanganan otoritas bandara. Petugas berwenang lalu melakukan autopsi. Hasil autopsi kelak mengungkap bahwa Munir yang diduga sakit, ternyata tewas dengan cara diracun.
(Baca juga: Aktivis HAM Minta Jokowi Tak Hanya Jual Komitmen Pengusutan Kasus Munir)